500 error, internal server error が起きた時に試すことをここに追記していきます。
エラー詳細の確認
Xserver > サーバーパネル > アクセス解析 > エラーログ より、エラー詳細を確認する
全角カタカナ、全角ひらがな禁止
ディレクトリ名を全角カタカナ、全角ひらがなにしない（英語がベストですが、どうしても日本語が使い、そんな時は、漢字、半角カタカナのいずれかでなければなりません）
SSH接続中止
SSH接続をしていないか？（SSH接続をしている間は、500エラーが起きます。触るなら夜に触りましょう、ちなみにFTPからのファイル操作では起きません。）
パスの確認
パスがまちがっていないか？
例えば僕は、Flaskインストール時にMiniconda3をインストールしたものの、それを手動でフォルダ移動してcondaパスを変更していなかったので、condaコマンドが使えないことにより、python library が一時使用不可になってしまいました。
特に、.cgi系のファイルは、一行目の（#! からはじまる）全てパスが正しいか確認しましょう。
最後に、どうしてもうまくいかなかった場合は。
バックアップ復元によりエラー前に強制的に戻す。
を心がけましょう、、、というかこれが一番早いかもしれません。
時間と保存データの天秤次第、ということでしょうか。
