開発環境

PhoneGap Build : iOS、Android共に同じIDEを利用 ○
Cordova(PhoneGap): iOSはXcode、Androidはeclipseを利用 △

PhoneGap BuildはGitHubと連携できるため、以下のような流れで開発することができました。
eclipseで開発 → eclipseからGitHubにPush → PhoneGap Buildでビルド → iPhoneやAndroidでテスト

値段

PhoneGap Build : 無料プランあり △
Cordova(PhoneGap): 無料 ○

PhoneGap Buildには1種類のアプリであれば無料で利用できます。
ただし、GitHubのプライベートリポジトリは利用できません。

プラグインの利用

PhoneGap BuildやCordovaでHTML5では実現が難しい機能(SQLiteやSNSシェア機能、ネイティブ機能など)を利用する場合、プラグインを利用することになります。
PhoneGap Build : Cordova向けの資料が多く分かりにくい △
Cordova(PhoneGap) : 機能やドキュメントは充実している ○

ただどちらも英語によるドキュメントばかりで、日本語の情報ではCordovaを利用しているMonacaの情報を一部活用しました。
https://ja.monaca.io/

デバッグ

ネイティブの機能(SQLiteやカメラなど)を利用した場合、極端に差が出ます。
PhoneGap Build : 一度端末に取り込んで実機でテスト ×
Cordova(PhoneGap) : iOSはXcodeのシミュレーターでテスト △

配信用スクリーンショットの提出(iOSのみ)

iOSではiPhone向けとiPad向けにスクリーンショットを登録する必要があります。
特にiPadではiPad Pro 12.9のサイズ(2048x2732pixelかその逆)で登録が必要です。

iTC提出時のiPad Pro 12.9"のスクリーンショット関連について
http://qiita.com/hsylife/items/110e352ca35affc5beac

PhoneGap Build : iPhoneX PlusやiPad Pro 12.9を持っていないとハードコピーで対応できない ×
Cordova(PhoneGap): Xcodeのシミュレータのハードコピーを利用 ○

自分がPhoneGap Buildで作成したアプリでは、iPadの画像を1種類のみ掲載したところ、アプリの詳細を説明するためには複数の画像が必要であるとリジェクトされました。そのため急遽、CordovaをインストールしてXcodeのシミュレータでiPad Pro 12.9サイズの画像を用意することになりました。

まとめ

ネイティブの機能を利用しないのであれば、PhoneGap Buildの無料プランがお手軽で、開発の柔軟性もあります。

自分が製作したアプリではネイティブ機能(SQLite)を利用していたため、デバッグに非常に苦労しました…

紹介：PhoneGap Buildで開発したアプリ

Climb Memo

・Android（Google Play）
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.akakura.climbingmemo
・iOS（App Store）
https://appsto.re/jp/3XQSib.i