Solution
ヘッダーの高さはheightForHeaderInSectionで指定すればいいのですが、ここで0を指定するとデフォルトの高さになってしまうので、代わりにCGFloat.leastNormalMagnitude を使います。
extension HogeViewController: UITableViewDelegate, UITableViewDataSource {
func tableView(tableView: UITableView, heightForHeaderInSection section: Int) -> CGFloat {
CGFloat.leastNormalMagnitude
}
}