POSCARが存在するディレクトリorファイルパス一覧の取得方法（ログ）

目標設定

[1]でcifファイルをcif2cellを用いてPOSCARファイルに変換した．その際，507142件存在したcifファイルは，308325件がPOSCARファイルに変換され，残りはエラーのため変換されなかった．そこで，生成されたPOSCARファイルパス一覧，またはPOSCARが存在する親ディレクトリのパス一覧を取得し，.npy形式で保存する．

[1] cifファイルをPOSCARファイルに一括変換（ログ）

スクリプトの説明

• get_poscar_existed_path_list.py^[2]
  • 入力：
    • cif/（というディレクトリ名のパス）
  • 出力：
    • poscar_existed_file_path_list.npy
    • poscar_existed_folder_path_list.npy

[2] https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_poscar_existed_path_list.git

詳細ログ

git clone https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_poscar_existed_path_list.git

ls -CF

get_poscar_existed_path_list.ipynb* get_poscar_existed_path_list.py* old/ sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt*

cat sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt

# how to use:
python3 get_poscar_existed_path_list.py

# exaple:
python3 get_poscar_existed_path_list.py /mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/cif

環境に応じて，cif/というディレクトリのパスを書き換えて以下のように実行する．

python3 get_poscar_existed_path_list.py /mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/cif

len(poscar_folder_path_list): 507142
Now getting poscar folder sub path list!!!
100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 507142/507142 [06:40<00:00, 1266.63it/s]
len(poscar_existed_file_path_list): 308325
Both poscar_existed_file_path_list and poscar_existed_folder_path_list were saved as .npy

ls -CF

get_poscar_existed_path_list.ipynb* old/ poscar_existed_folder_path_list.npy*
get_poscar_existed_path_list.py* poscar_existed_file_path_list.npy* sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt*