元素種C，Oを含むPOSCARファイルのパスのみ抽出（ログ）

目標設定

元素種C，Oを含むPOSCARファイルのパスのみを抽出する．

スクリプトの説明

• get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py^[1]
  • 入力：poscar_existed_file_path_list.npy
  • 出力：C_O_existed_poscar_abs_path_list.npy

[1] https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.git

流れ

以下の順にスクリプトを実行する．

1. get_poscar_existed_path_list.py^[1]
2. get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py^[1]

詳細ログ

pwd

/mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/scripts

sudo git clone https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.git

[sudo] password for morii-k:
Cloning into 'scripts_get_C_O_existed_poscar_abs_path_list'...
remote: Enumerating objects: 6, done.
remote: Counting objects: 100% (6/6), done.
remote: Compressing objects: 100% (6/6), done.
remote: Total 6 (delta 0), reused 6 (delta 0), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (6/6), 1.68 MiB | 7.63 MiB/s, done.

ls -CF

get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.ipynb* get_poscar_existed_path_list.py*
get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py* sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt*

cat sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt

# how to use:
python3 get_poscar_existed_path_list.py

# exaple:
python3 get_poscar_existed_path_list.py /mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/cif

time python3 get_poscar_existed_path_list.py /mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/cif

len(poscar_folder_path_list): 507142
Now getting poscar folder sub path list!!!
100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 507142/507142 [07:09<00:00, 1181.95it/s]
len(poscar_existed_file_path_list): 308325
Both poscar_existed_file_path_list and poscar_existed_folder_path_list were saved as .npy

real 7m37.918s
user 5m40.155s
sys 24m50.178s

ls -CF

get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.ipynb* get_poscar_existed_path_list.py* poscar_existed_folder_path_list.npy*
get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py* poscar_existed_file_path_list.npy* sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt*

time python3 get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py

len(poscar_abs_path_list_loaded): 308325
100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 308325/308325 [11:19<00:00, 453.72it/s]
len(C_O_existed_poscar_abs_path_list): 205733
C_O_existed_poscar_abs_path_list was saved as C_O_existed_poscar_abs_path_list.npy!!!

real 11m27.497s
user 4m23.311s
sys 10m19.401s

これより，POSCARファイル308325件の内，元素種CまたはOを含むものは，205733件であることが分かった．

ls -CF

C_O_existed_poscar_abs_path_list.npy* get_poscar_existed_path_list.py* sample_get_poscar_existed_path_list.py.txt*
get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.ipynb* poscar_existed_file_path_list.npy*
get_C_O_existed_poscar_abs_path_list.py* poscar_existed_folder_path_list.npy*