多原子イオンを点置換した新しい結晶構造作成ログ（三角錐形・平面三角形編）

複数の多原子イオンに対して，点置換するプログラムを実行

time ./do_mk_polyatomic_ion_replaced_point_poscar_for_trigonal_pyramidal_planar_shape.sh

target_ion_name: CO3
central_atom_symbol: C
neighboring_atom_symbol: O
bond_length_lower_end: 0.99
bond_length_upper_end: 1.66
target_npy_p: ../get_some_ion_contained_pos_folder_p_list/CO3_contained_poscar_folder_path_list_ver2.npy
os.path.exists(target_npy_p): True
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 1143/1143 [00:47<00:00, 23.87it/s]

real 0m48.528s
user 4m8.260s
sys 0m10.425s

• 1544643
  
  
  
  
  

• 1010917
  

target_ion_name: IO3
central_atom_symbol: I
neighboring_atom_symbol: O
bond_length_lower_end: 1.49
bond_length_upper_end: 2.35
target_npy_p: ../get_some_ion_contained_pos_folder_p_list/IO3_contained_poscar_folder_path_list_ver2.npy
os.path.exists(target_npy_p): True
100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 200/200 [00:07<00:00, 27.49it/s]

real 0m8.098s
user 0m34.177s
sys 0m2.785s

• 1509389
  
  

target_ion_name: BrO3
central_atom_symbol: Br
neighboring_atom_symbol: O
bond_length_lower_end: 1.33
bond_length_upper_end: 2.12
target_npy_p: ../get_some_ion_contained_pos_folder_p_list/BrO3_contained_poscar_folder_path_list_ver2.npy
os.path.exists(target_npy_p): True
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 20/20 [00:00<00:00, 35.94it/s]

real 0m1.077s
user 0m2.471s
sys 0m1.029s
target_ion_name: ClO3
central_atom_symbol: Cl
neighboring_atom_symbol: O
bond_length_lower_end: 1.22
bond_length_upper_end: 1.94
target_npy_p: ../get_some_ion_contained_pos_folder_p_list/ClO3_contained_poscar_folder_path_list_ver2.npy
os.path.exists(target_npy_p): True
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 95/95 [00:03<00:00, 31.63it/s]

real 0m3.515s
user 0m14.051s
sys 0m1.944s

target_ion_name: NO3
central_atom_symbol: N
neighboring_atom_symbol: O
bond_length_lower_end: 0.94
bond_length_upper_end: 1.61
target_npy_p: ../get_some_ion_contained_pos_folder_p_list/NO3_contained_poscar_folder_path_list_ver2.npy
os.path.exists(target_npy_p): True
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 5242/5242 [04:09<00:00, 21.02it/s]

real 4m10.225s
user 21m28.008s
sys 0m51.900s

real 4m22.954s
user 22m18.712s
sys 0m57.671s