環境変数を使って切り替える方法がある。
（Apache 2.2.15にて動作確認済み）
SetEnvIf (mod_setenvif) を使う
.htaccess
RewriteEngine On
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for develop
#----------------------------------------------------------
SetEnvIf Host ^develop.example.com$ REWRITE_BASE=/path/to/develop
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for staging
#----------------------------------------------------------
SetEnvIf Host ^staging.example.com$ REWRITE_BASE=/path/to/staging
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for production
#----------------------------------------------------------
SetEnvIf Host ^www.example.com$ REWRITE_BASE=/path/to/production
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(ico|gif|jpe?g|png|css|js)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ %{ENV:REWRITE_BASE}/index.php [QSA,NS,L]
RewriteCond + RewriteRule で頑張る
.htaccess
RewriteEngine On
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for develop
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^develop.example.com$
RewriteRule . - [E=REWRITE_BASE:/path/to/develop]
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for staging
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^staging.example.com$
RewriteRule . - [E=REWRITE_BASE:/path/to/staging]
#----------------------------------------------------------
# RewriteBase for production
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.example.com$
RewriteRule . - [E=REWRITE_BASE:/path/to/production]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(ico|gif|jpe?g|png|css|js)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ %{ENV:REWRITE_BASE}/index.php [QSA,NS,L]
DocumentRootの階層が違うために環境によってアプリケーションフレームワークの起動パスを切り替えたい場合などに使えるはず。
HTML等でリソースのパスが変わる場合も、この環境変数を頭に付けてやると良い。（PHPだと $_SERVER['REWRITE_BASE'] で参照できる。はず。）
RewriteCond の右辺には変数を書けない
RewriteCondのCondPattern（右辺）に変数を記述しても期待通りには解釈してくれない。
メンテナンス時の設定などで、こういう風に書いてリダイレクトループを回避しようとしてもダメ。
↓これはNG!!
.htaccess
#----------------------------------------------------------
# maintenance for all?
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{REMOTE_ADDR} !=127.0.0.1
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=%{ENV:REWRITE_BASE}/503.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(gif|jpe?g|png|css|js|ico|map)$ [NC]
RewriteRule ^.*$ %{ENV:REWRITE_BASE}/503.php [R,L]
TestString（左辺）では変数を解釈してくれるので…
↓これならOK
.htaccess
#----------------------------------------------------------
# maintenance for staging
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{ENV:REWRITE_BASE} ^/path/to/staging$
RewriteCond %{REMOTE_ADDR} !=127.0.0.1
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/path/to/staging/503.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(gif|jpe?g|png|css|js|ico|map)$ [NC]
RewriteRule ^.*$ %{ENV:REWRITE_BASE}/503.php [R,L]
#----------------------------------------------------------
# maintenance for production
#----------------------------------------------------------
RewriteCond %{ENV:REWRITE_BASE} ^/path/to/production$
RewriteCond %{REMOTE_ADDR} !=127.0.0.1
RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/path/to/production/503.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(gif|jpe?g|png|css|js|ico|map)$ [NC]
RewriteRule ^.*$ %{ENV:REWRITE_BASE}/503.php [R,L]
こんな感じで環境別に定義するしかないかも。他に良い解決策があれば教えてください。