Step1 : yiilite.phpを無視する

NBがyiilite.phpも読み込むと重複して補完の候補が上がってしまうので、最初にこのファイルを無視しておくといいかと思います。

設定は
ツール > オプション > その他 > ファイル
のIDEが無視するファイルのパターンに |yiilite.php$を追加します。

Step2 : 補完用のファイルを作成する

nbprojectの中に下記のファイルを追加します。
https://gist.github.com/4393875

<?php
/**
 * Description of Code Completion file for Yii Framework with NetBeans.
 * 
 * This is file for code completion of yii framework.
 * Please put this to your nbproject folder. (e.g. yourproject/nbproject/code_completion.php)
 * 
 * Yii::app()->[Ctrl + Spase]
 * CWebApplication methods and fields are added on the popup list.
 *
 * @author junichi11
 */
class Yii extends YiiBase {
 
	/**
	 * @return CWebApplication
	 */
	public static function app() {}
 
}

フレームワーク本体ではCApplicationを返しているので、上記ファイルを追加しない場合は、Yii::app()->とした場合にCApplicationクラスの候補しかリストに表示されません。

pluginでインクルードパスの追加とこのファイルの追加のアクションをつけれたらつけようと思います。