バージョン管理を行わなければアプリケーションが動かないというわけではないですが、
バージョン管理をしておけば、コードの履歴を追ったり、削除してしまったファイルを復旧できたりします。

【コマンド】

【変更のあった全てのファイルを追加】

git add -A

このコマンドを実行すると、現在のディレクトリにあるファイルが全て追加される.
.gitignoreに記載されているパターンにファイル名が合致するファイルは追加されない。

【削除】

rm -rf

rmは対象のファイルを削除するコマンド

-rf =
(recursive)
サブディレクトリやその中のファイルも全て削除する

(force)
削除して良いかどうかを確認しない
を指定するオプション

【復旧】

git checkout -f

削除前のディレクトリとファイルを復旧する