Cocoapodsをver1.0.0にあげたけど0.39.0と表示される

すでに入っているpodのパスを確認してください。

% which pod                                                                                                                          [17:47:59]
/Users/jumbo/.rbenv/shims/pod

rbenvで管理しているgem経由で入れた場合、上記が正しい。
ただ何らかの理由でrbenv使わず入れていると

% which pod                                                                                                                          [17:36:28]
/usr/local/bin/pod

この辺にあるので削除してください、これでオッケー

% rm -rf /usr/local/bin/pod