Windows 11 からスパコンにアクセスして作業するための環境整備の備忘録です.九州大学スパコン玄界(GENKAI)を例としますが,東京大学スパコン WISTERIA でも同様です.Windowsから MobaXterm を用いてスパコンにアクセスできることを前提とします.スパコンへのアクセス方法の詳細例はこちらを参照ください.
SSH接続
C:\Users\<username>\.ssh\
に秘密鍵,公開鍵が作成されているものとします.User Portalにはこの公開鍵を登録します.
秘密鍵,公開鍵が未作成の場合はコマンドプロンプトを開き,C:\Users\<username>\.ssh\
においてssh-keygenで作成します.
ssh-keygen
デフォルトでは,秘密鍵 id_rsa と公開鍵 id_rsa.pub が作成されます.
VScodeで必要になるので,同じフォルダにファイル名 config で以下のような内容のファイル作成します.以下の VScode でさらに説明します.
Host GENKAI
HostName <スパコン接続url>
User <ユーザ名>
IdentityFile C:\Users\<username>\.ssh\id_rsa
一方,ppk形式の鍵の場合は変換が必要です.puttygenを起動し,Conversions
メニュー → Import key
でppk形式の鍵を入力して読み込みます.passphraseを求められますので,入力します.すると一番上のKeyボックスに公開鍵が現れます.この公開鍵をUser Portalに登録します.しかし,VScodeを使用する場合は上記のssh-keygenで秘密鍵と公開鍵を作成する方法が簡単です.
VScode
Windows版のVScodeでスパコン上のファイルを編集できるようにします.VScodeの拡張機能に Remote Development をインストールします.こちらの記事が参考になります.
configの編集
既述の通り,C:\Users\<username>\.ssh\config
を以下のように編集(追記)します.
Host GENKAI
HostName <スパコン接続URL>
User <ユーザ名>
IdentityFile C:\Users\<username>\.ssh\<秘密鍵ファイル名>
Host はスパコン名を任意に付けます.HostName はスパコンの接続アドレスです.User の <ユーザ名>
はスパコンのユーザ名(アカウント名)です.IdentityFile の <秘密鍵ファイル名>
はスパコンに登録した公開鍵に対応する秘密鍵のファイルパスです.
VScodeでスパコンに接続
Vscodeを起動し,左端の リモート エクスプローラー アイコンをクリックすると,GENKAI が追加されているはずです.これにカーソルを合わせると,新しいウィンドウで接続...
が現れます(現在の...
が選択できるときはどちらか選択).それをクリックし,Linuxを選択し,ターミナルでyesと入力することでスパコンに接続が完了します(passphraseの入力も求められます).
VScodeの必要な拡張機能については,スパコンへのインストールの指示が現れるので,それらをインストールしておきます.
GitHub
GitHubのアカウントを持っていることを前提とします.スパコンにログインし,~/.ssh/
に移動します(存在しない場合は作成します).秘密鍵と公開鍵を作成します.Enter file ...
でEnterを押すとデフォルト名になります.Enter passphrase ...
にはpassphraseを入力します.
$ cd ~/.ssh
$ ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/<group>/<username>/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/<group>/<username/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/<group>/<username>/.ssh/id_rsa.pub.
秘密鍵id_rsaと公開鍵id_rsa.pubが作成されます.公開鍵をGitHubに登録します.GitHub右上のプルダウンボタンの Settings をクリックし,左メニューの SSH and GPG keys をクリックします.右上の New SSH key をクリックし,適当な名前を付け,公開鍵をコピペし,Add SSH key をクリックして登録します.
GitHubに接続できることを確認しましょう.
$ ssh -T git@github.com
Enter passphrase for key '/home/<group>/<username>/.ssh/id_rsa':
Hi <your_GitHub>! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.
初期設定を実行します.use.email
と user.name
にはそれぞれダブルクオーテーションで囲んだメールアドレスおよび名前を入力します.これで git clone ができるようになります.
$ git config --global user.email "you@example.com"
$ git config --global user.name "Your Name"
Mambaforge (Miniconda) 環境の構築
Pythonの環境を Miniconda の代わりに Mambaforge で構築します.Minicondaと同様にcondaコマンドが使えます.こちらの記事を参照ください.