FVCOM 4.4.1 から FVCOM 4.4.2 に更新しました．
FVCOM は非構造格子有限体積法海洋コミュニティモデルです．WindowsのWSL2のUbuntu 20.04LTS および 九州大学スパコンITO-A において Intel oneAPI を用いて，FVCOM 4.4.2 をインストールします．Examples/Estuary のテストケースの MPI 実行を想定します．
ユーザー登録者限定コードのため示せませんが，一部コードの修正が必要でした
コンパイラの準備
Intel oneAPI を用意します．WSL2 の Ubuntu 20.04LTS は こちら を参照ください．
ITO-A では以下の通りです．
module load oneapi/2021.3
NetCDF ライブラリのインストール
NetCDF-4 をリンクしたFVCOM実行形式は実行時にsegmentation faultとなりました．対処法不明です．そこで，NetCDF-3.6.3 をインストールします．
netcdf-3.6.3.tar.gz がソースコードです．
ビルドスクリプト build_netcdf363.sh を用意します．
#!/bin/bash
# build_netcdf363.sh
export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS=-O3
export CXXFLAGS=-O3
export F77=ifort
export FC=ifort
export F90=ifort
export FFLAGS=-O3
export CPP='icc -E'
export CXXCPP='icpc -E'
tar xf netcdf-3.6.3.tar.gz
cd netcdf-3.6.3
./configure --prefix=${HOME}/local/netcdf-3.6.3-one-api-2021.3
make
make check
make install
スクリプトに実行権限を付与し，実行します．
chmod a+x build_netcdf363.sh
./build_netcdf363.sh
FVCOM同梱のライブラリのインストール
make.inc の編集
fvcom442/FVCOM_source/make.inc を以下のように編集します．make.inc_example が存在するので，これをコピーして使いましょう．
ホームディレクトリは $(HOME) のように丸括弧（中括弧ではありません）で囲みます．
ライブラリのインストールのため，コンパイラの設定は Serial 用の Intel Compiler Definitions 関連の編集が必要です． Intel/MPI Compiler Definitions 関連はすべてコメントアウトしておきます．
# Set the FVCOM_source directory
TOPDIR = $(HOME)/Github/fvcom442/FVCOM_source
# Comment out all lines for MEDM Environment and specify the Local Install
####################### MEDM ENVIRONMENT #####################################
# Use the environmental variables, LIBPATH and INCLUDEPATH, set by MODULE
# to find the packages used by this build.
#colon=:
#empty=
#dashI= $(empty) -I
#dashL= $(empty) -L
# ### UNCOMMENT HERE!
# LIBDIR = -L$(subst $(colon),$(dashL),$(LIBPATH))
# INCDIR = -I$(subst $(colon),$(dashI),$(INCLUDEPATH))
###########################################################################
# LOCAL INSTALL
LIBDIR = -L$(INSTALLDIR)/lib
INCDIR = -I$(INSTALLDIR)/include
# Specify NetCDF Library
#--------------------------------------------------------------------------
# NETCDF OUTPUT NETCDF IS NOW REQUIRED TO COMPILE FVCOM
# DUMP OUTPUT INTO NETCDF FILES (yes/no)
# REQUIRES SYSTEM DEPENDENT NETCDF LIBRARIES
# COMPILED WITH SAME F90 COMPILER
# SET PATH TO LIBRARIES WITH IOLIBS
# SET PATH TO INCLUDE FILES (netcdf.mod) WITH IOINCS
#--------------------------------------------------------------------------
# FLAG_USE_NETCDF4 = -DUSE_NETCDF4
# FLAG_USE_COMPRESSION = -DUSE_COMPRESSION
#
# IOLIBS = -lnetcdff -lnetcdf #-lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lcurl -lm
# IOLIBS = -lnetcdf #-L/hosts/mao/usr/medm/install/netcdf/3.6.3/em64t/lib -lnetcdf
# IOINCS = #-I/hosts/mao/usr/medm/install/netcdf/3.6.3/em64t/include
# IOLIBS = -L/usr/local/install/netcdf/gcc_ifort/3.6.2/lib -lnetcdf
# IOINCS = -I/usr/local/install/netcdf/gcc_ifort/3.6.2/include
#
## IOLIBS = -L/usr/local/install/netcdf-4.4.1.1-with-fortran/lib -lnetcdff -lnetcdf
## IOINCS = -I/usr/local/install/netcdf-4.4.1.1-with-fortran/include
# IOLIBS = -L/home/teem/local/netcdf4-intel-fortran/4.5.3/lib -lnetcdff -lnetcdf
# IOINCS = -I/home/teem/local/netcdf4-intel-fortran/4.5.3/include
# IOLIBS = -L/home/teem/local/netcdf-3.6.3-intel/lib -lnetcdf
# IOINCS = -I/home/teem/local/netcdf-3.6.3-intel/include
IOLIBS = -L$(HOME)/local/netcdf-3.6.3-one-api-2021.3/lib -lnetcdf
IOINCS = -I$(HOME)/local/netcdf-3.6.3-one-api-2021.3/include
#--------------------------------------------------------------------------
FLAG_1 = -DDOUBLE_PRECISION
FLAG_3 = -DWET_DRY
# FLAG_9 = -DSEMI_IMPLICIT
# include ${PETSC_DIR}/bmake/common/variables
FLAG_14 = -DRIVER_FLOAT
# FLAG_28 = -DAIR_PRESSURE
#--------------------------------------------------------------------------
# Intel Compiler Definitions (ITO-A, Ubuntu 20.04LTS on WSL2)
#--------------------------------------------------------------------------
#
CPP = /usr/bin/cpp
COMPILER = -DIFORT
FC = ifort
CC = icc
CXX = icpc
CFLAGS = -O3
# Activate DEBFLGS when debuging
# DEBFLGS = -check all -warn -std -fpe0 -ftrapuv -traceback
# OPT = -O0 -g
OPT = -O3
# Do not set static for use with visit!
# VISOPT = -Wl,--export-dynamic
# LDFLAGS = $(VISITLIBPATH)
ライブラリのインストール
ライブラリのルート（fvcom442/FVCOM_source/libs/）に移動します．chmod a+x untar.sh で実行権限を付与しておきます．
makefile を開き，インストール済みのnetcdf関連行をコメントアウトします．
# PACKAGES = proj fproj julian metis netcdf
PACKAGES = proj fproj julian metis
# cd netcdf && ./configure CC=$(CC) CFLAGS=-O3 CXX=$(CC) CXXFLAGS=-O3 F77=$(FC) F90=$(FC) FFLAGS=-O3 --prefix=$(MYINSTALLDIR) --build=$(MACHTYPE)
# cd netcdf && make install
make を実行すると，ライブラリが fvcom442/FVCOM_source/libs/install/ にインストールされます．
make
FVCOM の MPI 用のビルド
fvcom442/FVCOM_source/ に戻って make.inc を開き，Intel/MPI Compiler Definitions 関連を以下の通り編集します．Serial 用の設定はMPI用の設定で上書きされますので，そのままで大丈夫です．
#--------------------------------------------------------------------------
# Intel/MPI Compiler Definitions (ITO-A, Ubuntu 20.04LTS on WSL2)
#--------------------------------------------------------------------------
CPP = /usr/bin/cpp
COMPILER = -DIFORT
CC = mpiicc
CXX = mpiicpc
CFLAGS = -O3
FC = mpiifort
# DEBFLGS = -check all -warn -std -fpe0 -ftrapuv -traceback
# OPT = -O0 -g
OPT = -O3
# Do not set static for use with visit!
# VISOPT = -Wl,--export-dynamic
# LDFLAGS = $(VISITLIBPATH)
以上で準備が整いましたので，make します．
make
以下を実行して，リストの最後に fvcom と libfvcom.a が生成されていれば成功です．
ls -ltr
コンパイルをやり直すときはクリーンしてから実行します．
make clean
make
共有ライブラリパスの設定
これをしないと実行時に共有ライブラリ libproj.so.0 がロードできないエラーとなります．
export LD_LIBRARY_PATH="${HOME}/Github/fvcom442/FVCOM_source/libs/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
.bashrc に追記しておくとよいでしょう．
Estuary テストケースの実行
fvcom442/Examples/Estuary/run/ に移動します．
tst_run.nml の修正
計算条件が書かれた，tst_run.nml は以下のように修正が必要です．
NML_CASE の最後に DATE_REFERENCE を追記します．
DATE_REFERENCE = '1858-11-17 00:00:00'
NML_NETCDF_SURFACE を NML_NETCDF の後に追記します．
&NML_NETCDF_SURFACE
NCSF_ON = F,
NCSF_FIRST_OUT = 'none' ,
NCSF_OUT_INTERVAL = 'none' ,
NCSF_OUTPUT_STACK = 0,
NCSF_SUBDOMAIN_FILES= ,
NCSF_GRID_METRICS = F,
NCSF_FILE_DATE = F,
NCSF_VELOCITY = F,
NCSF_SALT_TEMP = F,
NCSF_TURBULENCE = F,
NCSF_WIND_VEL = F,
! NCSF_ATM_PRESS = F,
NCSF_WIND_STRESS = F,
! NCSF_WAVE_PARA = F,
! NCSF_ICE = F,
NCSF_EVAP_PRECIP = F,
NCSF_SURFACE_HEAT = F
/
最後に NML_MLD を追記します．
&NML_MLD
NC_MLD = F,
GAMMA_MIN = 0.04e-3,
MLD_DEFAULT = 5.0,
DEEPWATER_DEPTH = 100.0,
DEEPWATER_GAMMA = 0.03e-3
/
実行
実行形式 fvcom をカレントディレクトリにコピーします．または以下の様にリンクを張ると，コピー不要で，再ビルド後も有効です．
実行時は先頭の tst のみを --casename の引数として与えます．-n の引数にはプロセス数を与えます．例えば 4 core マシンで4プロセスによる計算は 4 とします．1 （serialと同じ）も指定できます．
# リンクを張る場合
ln -s ${HOME}/Github/fvcom442/FVCOM_source/fvcom fvcom
# Ubuntu 20.04LTS で 4プロセス実行の例
mpirun -n 4 ./fvcom --casename tst
# ITO の FRONTEND基本ベアメタルで 36プロセス実行の例
mpiexec.hydra -n 36 ./fvcom --casename tst