動画ファイルの.cineのnumpyへのとりこみ

まえがき

高速度カメラPhantomシリーズの付属の撮影ソフトウエアPCCでのデフォルト拡張子.cineを、pythonのnumpy配列へ入れる方法をメモしておく。
とはいっても、モジュールをつかうだけ。

なおnumpy配列へ入れることで、opencvやscikit-imageなどのモジュールが使いやすくなる。

使用モジュール

pims
https://github.com/soft-matter/pims

読み込みの実例

import numpy as np
import pims

f = pims.open("filename.cine")

これだけである。
厳密には、numpy配列に入ったわけではないものの、このまま同等として扱える（はず）

たとえば、

type(f)
<class 'pims.cine.Cine'>

f.dtype
dtype('uint16')

f.shape
(874, 720, 1280)

となっている。
さらに

f

<Frames>
Source: 10000fps.cine
Length: 874 frames
Frame Shape: (1280, 720)
Pixel Datatype: uint16

などと、メタデータも入っている。

どうしてもnumpyの純正がいいなら

f2 = np.copy(f)

type(f2)
<class 'numpy.ndarray'>

とでもすればいい。

scikit-imageをつかっての実例

import numpy as np
import pims
from skimage.io import imsave

f = pims.open("filename.cine")

for i in range(0,f.shape[0]): 
  imsave("folderpath/"+str(str(i).zfill(5))+".tif",f[i])

などとすれば、scikit-imageのimsave()を使って、連番の.tifを保存することとなる。
なお、zfill(5)は、0埋め5桁の名前で保存しろ、といういみ。