HyperSpyとscikit-imageの画像データの橋渡し

意外とまとまっているチートページがなかったので、忘備録の為作成。

JPEG画像をHyperSpy経由でscikit-imageへ

例として、8bitグレースケールのjpgを表示する。

復習として、モジュールインポート

import hyperspy.api as hs

import numpy as np
from skimage.io import imshow, show
import matplotlib.pyplot as plt

そして、

s = hs.load("hogehoge.jpg")
imshow(s.data,cmap="gray")
show()

でよい。

ここで、imshow()のcmap="gray"は、カラースケールをグレースケールに、という意味。

上のように表示される。

.dm3画像をHyperSpy経由でscikit-imageへ

電顕の方の愛用ソフトGatan Digital Micrographの.dm3や.dm4も上記の例ようにすればよい。

つまり、

import hyperspy.api as hs

import numpy as np
from skimage.io import imshow, show
import matplotlib.pyplot as plt

s = hs.load("hogehoge.dm3")
imshow(s.data,cmap="gray")
show()

表示結果は

であり、先の例と同様になる。
（長さのスケールバーがなかったり、輝度のスケールバーが出ていることに注意）

なお、

s.data.dtype

で、dtype('float32')となっていることが確認できる。

さらに、.dm3に入っている画像取得中の情報は、

s.metadata

で、とりだせる。

といった感じに。
つまり、加速電圧が欲しければ、

s.metadata.Acquisition_instrument.TEM.beam_energy

のようにツリーをたどっていけば、200.0がとりだせる。

HyperSpyにいろいろ便利なツールがあるようだが、使い慣れたモジュールでサクッと試したいときもあり、橋渡しができることにも意味がある。