忘れてしまいそうなので、自分用にメモ。
DjangoではAutoFieldというのがありますが、それで作成されるdatabaseのclumnはintになってしまいます。

bigint でauto incrementさせたい。
stackoverflowに親切な人がいた。

from django.db.models import fields
from south.modelsinspector import add_introspection_rules

class BigAutoField(fields.AutoField):
    def db_type(self, connection):
        if 'mysql' in connection.__class__.__module__:
            return 'bigint AUTO_INCREMENT'
        return super(BigAutoField, self).db_type(connection)

add_introspection_rules([], ["^MYAPP\.fields\.BigAutoField"])

southを使用しない人は

from django.db.models import fields

class BigAutoField(fields.AutoField):
    def db_type(self, connection):
        if 'mysql' in connection.__class__.__module__:
            return 'bigint AUTO_INCREMENT'
        return super(BigAutoField, self).db_type(connection)

これでいいみたいです。

実験

まずテストのモデル用意
AutoIncrementを使用するときの注意としては、他のfieldで使用されてしまっていた場合

A model can't have more than one AutoField.

と出て怒られます。

from django.db import models
class test(models.Model):
    id = BigAutoField(primary_key=True)

python manage.py syncdb

結果

auto_incrementになってました！

補足や間違いあれば、ご指摘お願いします。

参考：
http://stackoverflow.com/questions/2672975/django-biginteger-auto-increment-field-as-primary-key

BigIntegerFieldをauto incrementにする

実験

結果