.emacs や .emacs.d/init.el に以下のような記述が勝手に書き込まれることがあると思います。

(custom-set-variables
 ;; custom-set-variables was added by Custom.
 ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 ;; Your init file should contain only one such instance.
 ;; If there is more than one, they won't work right.
 '(package-selected-packages
   '(magit compat rust-mode racket-mode slime newlisp-mode d-mode janet-mode use-package)))
(custom-set-faces
 ;; custom-set-faces was added by Custom.
 ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 ;; Your init file should contain only one such instance.
 ;; If there is more than one, they won't work right.
 )

これを別ファイルに書き込まれるようにしたい場合には以下のような記述を .emacs or .emacs.d/init.el に入れると良いです。

.emacs or .emacs.d/iniit.el

(setq custom-file "~/.emacs.d/custom.el")
(condition-case nil
    (load custom-file)
  (error nil))

custom.el を .emacs.d の中に入れたくない場合は、以下のようにします。

.emacs or .emacs.d/iniit.el

(setq custom-file "~/custom.el")
(condition-case nil
    (load custom-file)
  (error nil))

.emacs を git 等で管理しているときに、他のPCの .emacs 内の custom-set-variables や custom-set-faces と衝突してしまうのを回避することができるようになります。custom.el は .gitignore などでバージョン管理対象から外しておくといいでしょう。
ちなみに、(load custom-file) を condition-case で囲んでいるのは、custom.el がまだ作られてない時にエラーになるのを無視するためです。

それでは！