追記（2015/05/13）
hubさんが2FAに標準対応したようです（たぶん1年以上前？）．
GitHubをコマンドラインから操作するための便利ツールhub．
これをGitHubで2要素認証を有効化している状態でも使えるようにする．
（hubの使い方についてはREADME.mdもしくは「GitHubユーザーのためのhubコマンド - Qiita [キータ]」がわかりやすいです）
手順
アクセストークン生成
「New Personal Access Token」にアクセスし，新しいアクセストークンを生成する．
Token descriptionには自分がわかるような説明を書いておく．
Create Tokenをクリックしたらアクセストークンが生成され，下画像のような感じで表示されるのでコピーしておく．
hubの設定
~/.config/にhubというファイルを作成し，以下のようにyaml形式で保存する．
ACCESS_TOKENは先ほど生成しコピーした文字列，USERNAMEにはGitHubでのアカウント名（僕ならizumin5210）に置き換え．
~/.config/hub
—--
github.com:
- oauth_token: ACCESS_TOKEN
user: USERNAME
これで2要素認証が有効でも問題なくhubが使える．ちょーべんり．