JupyterLabでdotファイルを表示する

機械学習実装練習中にJupyterLab上でdotファイルをpngファイルに変換して表示したかったので全手順をメモしておきます。

手順

1. pipのインストール
2. pydotplus、graphvizのインストール
3. JupyterLabにバインド
4. dotファイルの変換と表示をする関数を作成
5. 表示処理の実施

pipのインストール

この辺を参考に。。。

pydotplus、graphbizのインストール

以下のコマンドを実行

$ pip install pydotplus
$ pip install graphbiz

JupyterLabにバインド

grahvizをJupyterLabで利用できるようにバインドする

$ conda install -c conda-forge python-graphviz

dotファイルの変換と表示をする関数を作成

JupyterLab上で以下を記述

import os
import pydotplus
from IPython.display import Image,display_png

PROJECT_ROOT_DIR = "."

def image_path(fig_id):
    return os.path.join(PROJECT_ROOT_DIR, "images", fig_id)
def view_dot(fig_id):
    file_full_path=PROJECT_ROOT_DIR+"/images"
    graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_file(file_full_path+"/"+fig_id)
    graph.write_png(file_full_path+"/"+fig_id+'.png')
    display_png(Image(graph.create_png()))

表示処理の実施

JupyterLab上で対象のdotファイルを表示させます。

view_dot("ファイル名.dot")

まとめ

バインド処理がそこそこ時間がかかりますのでコーヒーでもいただきながら待ちましょう。

参考