最新付近の ffmpeg で x264 使って2passの mp4を作ろうとすると 2nd pass has more frames than 1st pass
になることがあるようです。 [2013-09-09]
とりあえず -an オプションつけて音声なしにするとエラーが解消になるかも。
別々にエンコードして後で $ ffmpeg -i video.mp4 -i audio.aac -c copy output.mp4
して結合しましょう。
参考
[FFmpeg-user] Segfault for 2 pass x264 encoding
http://ffmpeg.org/pipermail/ffmpeg-user/2013-January/012754.html