何も知らずに sites-enabled に設定ファイルを作成してたんですが、正しくは
site-available ディレクトリに設定ファイルを置いといて、必要な設定だけをシンボリックリンクで sites-enabled に置くのが正しいようです。
ちなみに site-available に置いとかなくても他の場所でもOK。
Capistrano とかつかって デプロイしてる場合は ~/apps/appsname/current/config/nginx.conf へのリンクを置いといたりするみたいですね。(前回作業した時は書いてあることをそのまま真似するので精一杯でよくわかってたなかった。)