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csv (txt) ファイルからデータを読み込む

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目的

Python3を使って測定装置がはき出すX(波長、電圧、時間など)ーY(吸光度、電流など)がリストになったcsv(txt)ファイルからデータを読み出す。

話の前提

  • Python3/pandasが使える
  • pd.DataFrameが各行各列に名前をつけられるマトリクス形式のデータ構造であることを知っている。
  • Jupyter notebookを使っている(必須ではない)
  • 測定ファイルはdata.csv
data.csv
日時:2019/1/1
開始波長(nm):300
終了波長(nm):800

>>>>>>>
波長, 吸光度
300, 0.00000
310, 0.00010
320, 0.00100
>>>>>>>

多くの測定データファイルは上記のようにヘッダー部分(日時や装置名などのメタデータが書かれた部分)と測定結果をリストにしているメイン部分に分かれている。今は、メインのデータをPython3で取り込み、その後の加工に使いたい。

方法

入力

import pandas as pd

f = 'data.csv'
df = pd.read_csv(f, sep=',', skiprows=6, skip_footer=1, header=None)
df.columns = ['WL', 'ABS']
print(df)

出力

    WL     ABS
0  300  0.0000
1  310  0.0001
2  320  0.0010

解説

pandasのもつread_csvという関数を使う。この関数には多くのの引数があり、柔軟にCSVファイルを読み込むことができる(https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/reference/api/pandas.read_csv.html)。

今回明示的に指定した引数は以下の通り。

  • ファイル名f:読み出すファイルの名前。一番最初の引数とする。

  • sep:separatorの略で、データ間を切り分けるための目印となる文字種を指定できる。CSVはその名の通り、Comma Separated Valuesの略なので、今回のケースではカンマを指定する。実は、この引数はそもそもsep=','、とカンマが指定されており、このケースでは明示的にこの値を指定する必要はない。ただし、多くの測定器の出力ファイルがtsv (tab separated values)の形式であるので、その場合はsep='¥t'と指定する。

  • skiprows:頭から何行目までを飛ばして読み込みを開始するかを指定する。今回は波長, 吸光度まで不要だったので6とした。

  • skip_footer:ファイル末尾に不要な行があるときに指定する。今回は最後の>>>>>>>の1行分が不要なので1とした。

  • header:各列名を指定する行番号をskiprowsで飛ばした後の0行目から指定する。今回はファイル中に波長, 吸光度という行があるが、後ほど自分で指定したかったので、header=Noneと指定して、どの行も列名として読み込まないようにした。

最後にdf.columns = ['WL', 'ABS']でDataFrameの列名をアップデートする。

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