仕組みをあまり理解していなかったので「ghettoVCB」などでおそるおそるやっていましたが、
ようはスナップショットを作成してディスク書き込みを差分ディスクに逃がしている間に、
実体となるディスクイメージを取得してしまえば良いだけのことみたいですね。
手動でのホットバックアップ手順
とりあえず自分用にメモ
①スナップショットが無い状態で構成情報をダウンロードする
HOSTNAME.vmx
HOSTNAME.vmxf
HOSTNAME.vmdk
HOSTNAME.vmsd
HOSTNAME.nvram
②スナップショットを作成する
③ディスクイメージをダウンロードする
HOSTNAME-flat.vmdk
④スナップショットを削除する
※ディスクイメージのダウンロードは、SSHコンソールを有効にしたうえでtar.gzなどで固めてから転送したほうが良いと思います。
仕組みが判ってしまえばそんなに怖いものでもないですね(？)