【R】ggplotで美しいROC曲線を書く

備忘録的なやつです。

前回の続き。
【R】ROC曲線を書く
【R】ROC曲線を書く2

ggplot2（ggroc）を使ってROC曲線を描きます。

必要なパッケージ

使うパッケージはggplot2とpROCです。

library(ggplot2)
library(pROC)

データの読み込みと確認

pROCに入っているデータ（aSAH）を読み込んで、**summary()**関数で確認。

# データの読み込み
df <- aSAH

# データの確認
summary(df)

⬇実行結果

> #データの読み込み
> df <- aSAH

> #データの確認
> summary(df)
 gos6   outcome      gender        age       wfns       s100b            ndka       
 1:28   Good:72   Male  :42   Min.   :18.0   1:39   Min.   :0.030   Min.   :  3.01  
 2: 0   Poor:41   Female:71   1st Qu.:42.0   2:32   1st Qu.:0.090   1st Qu.:  9.01  
 3:13                         Median :51.0   3: 4   Median :0.140   Median : 12.22  
 4: 6                         Mean   :51.1   4:16   Mean   :0.247   Mean   : 19.66  
 5:66                         3rd Qu.:61.0   5:22   3rd Qu.:0.330   3rd Qu.: 17.30  
                              Max.   :81.0          Max.   :2.070   Max.   :419.19  

roc()でROC曲線のオブジェクトを作成する

まず、**roc()**の結果をオブジェクトに格納しておきます。

roc(Y ~ X1 + X2 + ..., data, ci)

Y：疾患の有無（2値変数）
X ：検査の変数
data：データフレーム
ci：信頼区間

今回はYがoutocome、Xをs100b、ndka、wfnsとします。

ROC <- roc(outcome ~ s100b + ndka + wfns, data = df, ci = TRUE)
ROC

⬇実行結果

> ROC <- roc(outcome ~ s100b + ndka + wfns, data = df, ci = TRUE)
Setting levels: control = Good, case = Poor
Setting direction: controls < cases
Setting levels: control = Good, case = Poor
Setting direction: controls < cases
Setting levels: control = Good, case = Poor
Setting direction: controls < cases

> ROC
$s100b

Call:
roc.formula(formula = outcome ~ s100b, data = df, ci = TRUE)

Data: s100b in 72 controls (outcome Good) < 41 cases (outcome Poor).
Area under the curve: 0.7314
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)

$ndka

Call:
roc.formula(formula = outcome ~ ndka, data = df, ci = TRUE)

Data: ndka in 72 controls (outcome Good) < 41 cases (outcome Poor).
Area under the curve: 0.612
95% CI: 0.5012-0.7227 (DeLong)

$wfns

Call:
roc.formula(formula = outcome ~ wfns, data = df, ci = TRUE)

Data: wfns in 72 controls (outcome Good) < 41 cases (outcome Poor).
Area under the curve: 0.8237
95% CI: 0.7485-0.8988 (DeLong)

ggroc()でROC曲線を描画する

さきほど作成したROCオブジェクトを使って、**ggroc()**でROC曲線を描いてみます。

ggroc(ROC)

⬇実行結果

体裁を整えてみます。

ggroc(ROC, 
      aes = c("linetype", "color"), #線タイプ、色
      size = 1, #サイズ
      legacy.axes = TRUE) + # TRUE：x軸の目盛りを1-特異度に合わせて左が0、右が1となるように表示
  geom_abline(color = "dark grey", size = 0.5) + # AUROC=0.5となるラインを描画
  theme_classic()

⬇実行結果

最終的なスクリプト

# ROC曲線

# Rをきれいにする
rm(list = ls())

# ライブラリの読み込み
library(ggplot2)
library(pROC)

# データの読み込み
df <- aSAH

# データの確認
summary(df)

# roc()でROC曲線のオブジェクトを作成する
ROC <- roc(outcome ~ s100b + ndka + wfns, data = df, ci = TRUE)
ROC

# ggroc()でROC曲線を描画する
ggroc(ROC)

# ggroc()でROC曲線を描画する2
ggroc(ROC, 
      aes = c("linetype", "color"), #線タイプ、色
      size = 1, #サイズ
      legacy.axes = TRUE) + # TRUE：x軸の目盛りを1-特異度に合わせて左が0、右が1となるように表示
  geom_abline(color = "dark grey", size = 0.5) + # AUROC=0.5となるラインを描画
  theme_classic()