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MOL2 ファイルの分割

Last updated at 2016-03-31Posted at 2016-03-31

巨大な化合物ファイルのままだと扱いにくくてバラしたいとき用メモ。

Open Babel を使う場合

--splitinto (Open Babel Wiki)

適当なファイル数に分割したいとき

babel (大きなファイル).mol2 -omol2 --splitinto (分割数)

（ぴったり割り切れないときの端数は適当にやってくれる模様）
、、だが実は未実装？機能してないかも。
→ こちらのやり方がよろしいかも。

Options (Open Babel v2.3.1 documentation)

１化合物ずつバラバラにしたいとき

babel -m (大きなファイル).mol2 -omol2 (prefix_)

なぜか上記のやり方で、特定のファイルで途中でコケてダメなときがわりとあるので、、

１化合物ずつバラバラにしたいとき

csplit (大きなファイル).mol2 '/@<TRIPOS>MOLECULE/' '{*}' --prefix (prefix_)

どうしても一律の連番 filename になってしまうので、化合物 ID とかをファイル名にしたい場合は
あとで付け替えるしかないですかね。