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生物系研究者のインフォ備忘録

純粋生物系研究者がインフォに奮闘

初めまして。
現在留学中なのですが、留学先の研究室では、次世代シークエンスによる解析が非常に盛んです。
僕は、これまでほどんど実験しかしてこなくて、解析は共同研究者に任せていたのですが、これからは自分でもできるようになりたいと思い、ここに備忘録としても書いて行こうと思います。

生物系の研究では、最近大規模なデータから、面白い現象を見つける、証明することが多くなって来ました。
それが出来るようになったのだから、自分の手でも出来るようになって、面白いことをしたいと思っています。

どこにいるの?

留学先は世界で最も幸せな国などと言われている国に2017年12月からきています。
日本の時には、朝10時から、24、25時まで実験をしていましたが、こちらでは、8時半から遅くても18時くらいです。その後の時間は家で解析をしたり、ほかの勉強ができそうだな、と思っています。
やっと家も借りられて、住めるようになったので、これからは少しずつ勉強していきたいと思っています。

みなさんぜひアドバイスなどお願いします。

開発環境

OSは、macOS High Sierraを用いています。プログラミングをやろうと思って、ごちゃごちゃこれまでも色々とインストールしてあったりもしますが・・・

レベル

僕のレベルは非常に低いと思われます。。。。
これまで、Perlを少しだけ勉強しましたが、ほどんど使わなかったため、忘れています。

ということで、これからは、Pythonの方がメインになりそうと言われたので、Pythonを使っていきたいと思っています。

準備

どうもPythonでは、Jupyterを使うのがいいと聞いたことがあるので、Jupyterの準備から。
と思って調べていると、
Jupyter Notebook を使ってみよう
https://pythondatascience.plavox.info/pythonの開発環境/jupyter-notebookを使ってみよう

というサイトを見つけました。
言われた通り、anacondaをダウンロードします。

conda -V

とターミナルで打つと、

conda 4.4.8

と返されました。
(最初、conda - v と打っていたので、エラーが出ていて、うまく行っていないと思い、以下のほかのサイトを参考にして試しました。。。汗)

Macにanacondaをインストールする→ライブラリの追加
https://qiita.com/berry-clione/items/24fb5d97e4c458c0fc28

homebrewはインストール済みだったはずですが、もう一度やっておきました。
homebrewのサイトへ行き、

https://brew.sh

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

をターミナルへ。

書かれている通りに打ち込んで行き、その後、

brew install pyenv

を入れるとさらにエラー。

Your Xcode (8.0) is too outdated.
Please update to Xcode 9.2 (or delete it).
Xcode can be updated from the App Store.

とあったので、
Xcodeの新しいのをダウンロードしました。

先は長いですが、今日はここまで。
なぜ、アプリのところにanacoda navigatorだけがあって、それでいいのか、それの使い方は?と疑問です・・・
ネットでできるJupytorを使えばよかったかな・・・汗