###Deeptoolsの使用
うちのラボではRNA-seqなどのmeta-analysisをするために、Deeptoolsを使用しています。
ラボの２人が非常にインフォに詳しいので、彼らがそこらへんのデータをやっていますが、僕自身も自分でやりたい！！という憧れから、頑張ろうと思っています。
##インストール
インストールですが、こちらに詳しいです。
https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/installation.html
Python3で入るようなので、まずは、
$ pyenv global anaconda3-2019.03
として、全体を変えました。
$ pyenv versions
で確認をして、anaconda3-2019.03に*がついていたので、OKでしょう。
そこで、
conda install -c bioconda deeptools
を打って、
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Users/XXX/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03
added / updated specs:
- deeptools
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
bcftools-1.9 | h3a161e8_3 789 KB bioconda
conda-4.6.14 | py37_0 2.1 MB
deeptools-3.3.0 | py_0 135 KB bioconda
deeptoolsintervals-0.1.8 | py37h1de35cc_0 72 KB bioconda
htslib-1.9 | h3a161e8_7 1.2 MB bioconda
libdeflate-1.0 | h1de35cc_1 45 KB bioconda
plotly-3.9.0 | py_0 22.7 MB
py2bit-0.3.0 | py37h1de35cc_2 20 KB bioconda
pybigwig-0.3.13 | py37ha1385ca_2 68 KB bioconda
pysam-0.15.2 | py37hfdc6926_2 1.8 MB bioconda
retrying-1.3.3 | py37_2 15 KB
samtools-1.9 | h7c4ea83_11 575 KB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 29.5 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
bcftools bioconda/osx-64::bcftools-1.9-h3a161e8_3
deeptools bioconda/noarch::deeptools-3.3.0-py_0
deeptoolsintervals bioconda/osx-64::deeptoolsintervals-0.1.8-py37h1de35cc_0
htslib bioconda/osx-64::htslib-1.9-h3a161e8_7
libdeflate bioconda/osx-64::libdeflate-1.0-h1de35cc_1
plotly pkgs/main/noarch::plotly-3.9.0-py_0
py2bit bioconda/osx-64::py2bit-0.3.0-py37h1de35cc_2
pybigwig bioconda/osx-64::pybigwig-0.3.13-py37ha1385ca_2
pysam bioconda/osx-64::pysam-0.15.2-py37hfdc6926_2
retrying pkgs/main/osx-64::retrying-1.3.3-py37_2
samtools bioconda/osx-64::samtools-1.9-h7c4ea83_11
The following packages will be UPDATED:
conda 4.6.11-py37_0 --> 4.6.14-py37_0
Downloading and Extracting Packages
libdeflate-1.0 | 45 KB | ##################################### | 100%
retrying-1.3.3 | 15 KB | ##################################### | 100%
bcftools-1.9 | 789 KB | ##################################### | 100%
pysam-0.15.2 | 1.8 MB | ##################################### | 100%
samtools-1.9 | 575 KB | ##################################### | 100%
htslib-1.9 | 1.2 MB | ##################################### | 100%
plotly-3.9.0 | 22.7 MB | ##################################### | 100%
pybigwig-0.3.13 | 68 KB | ##################################### | 100%
py2bit-0.3.0 | 20 KB | ##################################### | 100%
deeptools-3.3.0 | 135 KB | ##################################### | 100%
deeptoolsintervals-0 | 72 KB | ##################################### | 100%
conda-4.6.14 | 2.1 MB | ##################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
imak:~ iMak$ deeptools -h
usage: deeptools [-h] [--version]
deepTools is a suite of python tools particularly developed for the efficient analysis of
high-throughput sequencing data, such as ChIP-seq, RNA-seq or MNase-seq.
Each tool should be called by its own name as in the following example:
$ bamCoverage -b reads.bam -o coverage.bw
If you find deepTools useful for your research please cite as:
Ramírez, Fidel, Devon P. Ryan, Björn Grüning, Vivek Bhardwaj, Fabian Kilpert,
Andreas S. Richter, Steffen Heyne, Friederike Dündar,
and Thomas Manke. 2016. "deepTools2: A next Generation Web Server for Deep-Sequencing
Data Analysis." Nucleic Acids Research, April. doi:10.1093/nar/gkw257.
[ Tools for BAM and bigWig file processing ]
multiBamSummary compute read coverages over bam files. Output used for plotCorrelation or plotPCA
multiBigwigSummary extract scores from bigwig files. Output used for plotCorrelation or plotPCA
correctGCBias corrects GC bias from bam file. Don't use it with ChIP data
bamCoverage computes read coverage per bins or regions
bamCompare computes log2 ratio and other operations of read coverage of two samples per bins or regions
bigwigCompare computes log2 ratio and other operations from bigwig scores of two samples per bins or regions
computeMatrix prepares the data from bigwig scores for plotting with plotHeatmap or plotProfile
alignmentSieve filters BAM alignments according to specified parameters, optionally producing a BEDPE file
[ Tools for QC ]
plotCorrelation plots heatmaps or scatterplots of data correlation
plotPCA plots PCA
plotFingerprint plots the distribution of enriched regions
bamPEFragmentSize returns the read length and paired-end distance from a bam file
computeGCBias computes and plots the GC bias of a sample
plotCoverage plots a histogram of read coverage
estimateReadFiltering estimates the number of reads that will be filtered from a BAM file or files given certain criteria
[Heatmaps and summary plots]
plotHeatmap plots one or multiple heatmaps of user selected regions over different genomic scores
plotProfile plots the average profile of user selected regions over different genomic scores
plotEnrichment plots the read/fragment coverage of one or more sets of regions
[Miscellaneous]
computeMatrixOperations Modifies the output of computeMatrix in a variety of ways.
For more information visit: http://deeptools.readthedocs.org
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version show program's version number and exit
となりました。
インストールできているか、バージョンで確認するために、
$ deeptools --version
で、deeptools 3.3.0と返ってきたので、入ったのでしょう。
#検証
さて、これでOKかなって思いますが、とりあえず、やってみないとわからないので、やってみましょう。
http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/04/07/223828
このHPに書いてある通りにやってみます。
早速、samtoolsを使って、BAAMのindexを作ろうとしたら、
dyld: Symbol not found: _stdscr
とエラーが・・・
ネットで調べたところ、同じような人がいて
$ conda install -c bioconda samtools=1.9=h8ee4bcc_1 openssl=1.0
として、インストールし直したら、直ったと書いてあったので、やったら、直りました。意味がわからない・・・
その後は全く同じようにやって・・・
このような図ができたので、動いたのでしょう！！！
さて、次は自分のデータでやってみたい・・・