#結論
ssh-agentが適用されてしまっていると、それが優先度が一番高くなってしまう。

#ケース
私の場合SourceTreeで、複数のGithubアカウント（会社用と個人用）のリポジトリを両方使っているとしばしば発生します。pushやpullなどリポジトリアクセスが必要な操作をしたときにエラーになります。

git --no-optional-locks -c color.branch=false -c color.diff=false -c color.status=false -c diff.mnemonicprefix=false -c core.quotepath=false -c credential.helper=sourcetree push -v --tags origin refs/heads/[branch名]:refs/heads/[branch名]
Pushing to [リポジトリのパス].git
ERROR: Repository not found.
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.
Completed with errors, see above

#原因
ssh-agentのせい

SSH接続の優先度は

keys from the agent (ssh-agentの設定)
keys from the config file (ssh configの設定)

opensshの該当ソース
https://github.com/openssh/openssh-portable/blob/master/sshconnect2.c#L1622

#確認方法
-vをつけてssh

ssh git@github.com -v
OpenSSH_7.9p1, LibreSSL 2.7.3
debug1: Reading configuration data /etc/ssh/ssh_config
・・・
debug1: Will attempt key: ｛Key｝ RSA SHA256:{フィンガープリント} agent <= これ
debug1: Will attempt key: /Users/hogefuga/.ssh/id_rsa
debug1: Will attempt key: /Users/hogefuga/.ssh/id_dsa
debug1: Will attempt key: /Users/hogefuga/.ssh/id_ecdsa
debug1: Will attempt key: /Users/hogefuga/.ssh/id_ed25519
debug1: Will attempt key: /Users/hogefuga/.ssh/id_xmss
・・・
debug1: Exit status 1

Will attempt key の行の末尾に agent が含まれていれば、ssh-agentの設定が適用されています。ログを追っていくと{Key}のidetity_fileが最終的に使われているのがわかります。

ssh-agent

ssh-agentについてはこちら。
https://euske.github.io/openssh-jman/ssh-agent.html

ssh-agentの状況を確認

$ ssh-add -l
2048 SHA256:{フィンガープリント} {Key} (RSA)

やはり設定されていました、いつの間にかSourceTreeを使っているとなります

#対処法

ssh-add -D

もう一度sshすると、今度はagentの行がなくなり、configの設定が適用されるはずです。

#恒久的対処法
.ssh/configのHost設定中に AddKeysToAgent yes があると、この設定を使うたびにssh-agentに追加されてしまうので注意。削除しましょう。
SourceTreeによって生成されたconfg設定にこの行が存在します。

以上