tooltip()を最初に呼び出す必要がある。
<a rel="tooltip" data-toggle="tooltip" data-placement="left" data-container="body" title="ツールチップに表示するコメント">表示のコメント</a>
<script type="text/javascript">
$(function(){
$("[rel=tooltip]").tooltip();
});
</script>
popover も同様のようです。
……
<script type="text/javascript">
$(function(){
$("[rel=popover]").popover();
});
</script>