Web上で配布されているタイプのドキュメントの中にもかなり役立つものが結構ある。
僕が読んだものも読んでいないものもありますが、ひとまず自分の知っている限りでまとめてみようと思います。
（ブログ記事程度の小さな単位のものは外しています。）

12 factor app

The Twelve-Factor App （日本語訳）
https://12factor.net/ja/

日本語版あり。
epub版もダウンロード可能

Gettin Real

Getting Real by 37signals
http://gettingreal.37signals.com/GR_jpn.php

37signalsは「小さなチーム、大きな仕事」などの書籍も出している会社。
日本語版あり。PDF版やペーパーバック版の購入もある

PHP: The Right Way
http://www.phptherightway.com/

PHPerなら誰でも読んでおくべきといえる有名なドキュメント。
日本語版はこちら。

ご丁寧にバナー画像まで用意されている。
pdfやepub版がダウンロードできるリンクも有り

これも個人的に

Web API Design | Apigee
https://apigee.com/about/resources/ebooks/web-api-design

Apigeeの公開している、Web APIの設計に関するドキュメント。
これは英語版のみ。

Apigeeは他にも多数ドキュメントを公開しているがこれしか読んだことがない。
https://apigee.com/about/resources/ebooks/

安全なウェブサイトの作り方：IPA 独立行政法人情報処理推進機構
https://www.ipa.go.jp/security/vuln/websecurity.html

IPAが出しているセキュリティに関するドキュメント。
別冊に「安全なSQLの呼び出し方」と「ウェブ健康診断仕様」がある。
日本語版しかない。

SQLパフォーマンス詳解
http://sql-performance-explained.jp/

こちらは有料。PDF版は1000円程度で購入可能。
日本語版あり。

このリストは絶賛未完です。
「なんでこれがないの？」等あればコメントで教えていただけると幸いです。
（自分も思い出したら嗅いていきます）