MPDyn
1. インストール
- 以下のMPDyn公式サイトからMPDynの圧縮ファイルをダウンロードする。
http://www.chembio.nagoya-u.ac.jp/labhp/physchem1/member/wshinoda/MPDyn2/index.html - 以下のコマンドで圧縮ファイルを展開する。
tar -xvf [圧縮ファイル名]
展開するとMPDynPFF(またはMPDyn2)というディレクトリができる。
- MPDynPFFに移動し、binというディレクトリを以下のコマンドで作る。
mkdir bin
- MPDynPFFの下にあるsourceに移動し、gnuコンパイラの場合は以下の前者、intelコンパイラの場合は後者のコマンドを実行する。
make -f Makefile.gnu -j 8
make -f Makefile.intel -j 8
※intelコンパイラを用いた方が計算が速くなるので推奨
ビルドが正常に終了するとbinのディレクトリにMPDynの実行バイナリMPDynSが作られる。
MPDynではその他にも様々な便利なツールを使うことができる。（公式HP参照)
これらをビルドするには以下のコマンドをsourceディレクトリで入力する
make -f Makefile.gnu TOOL -j 8
make -f Makefile.intel TOOL -j 8
ビルドが正常に終了するとbinディレクトリに様々なツールの実行バイナリが作られる。
2. 分子動力学計算
MPDynで分子動力学計算を行う際には以下のものが必要