MPDyn(分子動力学計算)

MPDyn

1. インストール

1. 以下のMPDyn公式サイトからMPDynの圧縮ファイルをダウンロードする。
   http://www.chembio.nagoya-u.ac.jp/labhp/physchem1/member/wshinoda/MPDyn2/index.html
   
2. 以下のコマンドで圧縮ファイルを展開する。
   tar -xvf [圧縮ファイル名]
   展開するとMPDynPFF(またはMPDyn2)というディレクトリができる。
   
3. MPDynPFFに移動し、binというディレクトリを以下のコマンドで作る。
   mkdir bin
   
4. MPDynPFFの下にあるsourceに移動し、gnuコンパイラの場合は以下の前者、intelコンパイラの場合は後者のコマンドを実行する。
   make -f Makefile.gnu -j 8
make -f Makefile.intel -j 8
   ※intelコンパイラを用いた方が計算が速くなるので推奨
   ビルドが正常に終了するとbinのディレクトリにMPDynの実行バイナリMPDynSが作られる。
   MPDynではその他にも様々な便利なツールを使うことができる。（公式HP参照)
   これらをビルドするには以下のコマンドをsourceディレクトリで入力する
   make -f Makefile.gnu TOOL -j 8
make -f Makefile.intel TOOL -j 8
   ビルドが正常に終了するとbinディレクトリに様々なツールの実行バイナリが作られる。
   

2. 分子動力学計算

MPDynで分子動力学計算を行う際には以下のものが必要