SSD等高速なストレージを要している場合は以下のパラメータを変更すると良いかも

curl -XPUT 'localhost:9200/_cluster/settings' -d '

{
    "persistent" : {
        "indices.store.throttle.max_bytes_per_sec" : "100mb"
    }
}
'

SSDの場合は100-200mbくらい

ちなみに一時的に変更したい場合はpersistentでなくtransientの方がいいかもしれない、この辺の設定の違いは以下参照
https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/reference/0.90/cluster-update-settings.html

clusterの再構築など一時的にindexingパフォーマンスを上げたい場合は以下を設定し、indexing終了後 none => mergeに変更すると良いかも

curl -XPUT 'localhost:9200/_cluster/settings' -d '

{
    "transient" : {
        "indices.store.throttle.type" : "none" 
    }
}
'

その他

elasticsearch.yml

index.refresh_interval: 30

diskへの書き込みインターバルを大きくする

リカバリー関連

elasticsearch.yml

cluster.routing.allocation.node_concurrent_recoveries: 3

# Set to throttle throughput when recovering (eg. 100mb, by default 20mb):
indices.recovery.max_bytes_per_sec: 50mb

# Set to limit the number of open concurrent streams when
# recovering a shard from a peer:
indices.recovery.concurrent_streams: 5

参考