Really Simple CSV Importerで登録したカスタムフィールドはそのままでは
プラグインが認識しません。
Advanced Custom field や Smart Custom Fieldsには対応方法が見つかりましたが、
Custom Field Suiteでは見つけれず。
データベースを除くと、wp_cfs_valuesにメタデータを登録されてないと、認識できないようです。
幸いデータ登録用のAPIがあったので、それを利用します。
https://mgibbs189.github.io/custom-field-suite/api.html

CSVインポート時のフックはpost id が確定させる必要があるので、
really_simple_csv_importer_post_saved
を使用します。

以下コード

add_filter( 'really_simple_csv_importer_post_saved', function ($post) {
	global $wpdb;
	
	try {
		// CFSで登録したメタデータの項目を取得
		$cflds = CFS()->find_fields( [
			'post_id' => $post->ID,
		] );
		$metaKeys = array_column($cflds, 'name');
		$metaKeysPlaceHolder = implode(', ', array_fill(0, count($metaKeys), '%s'));
		// CFS登録にメタデータ取得
		$curMeta = $wpdb->get_results(
			call_user_func_array([$wpdb, 'prepare'], array_merge([
				"SELECT * FROM $wpdb->postmeta WHERE post_id = %d AND meta_key IN ({$metaKeysPlaceHolder})"
			], [$post->ID], $metaKeys))
		);
		// 標準メタデータは不要なので削除
		$wpdb->query(
			call_user_func_array([$wpdb, 'prepare'], array_merge([
				"DELETE FROM $wpdb->postmeta WHERE post_id = %d AND meta_key IN ({$metaKeysPlaceHolder})"
			], [$post->ID], $metaKeys))
		);
		// CFSでメタデータ登録
		CFS()->api->save_fields(array_column($curMeta, 'meta_value', 'meta_key'), ['ID' => $post->ID]);
	} catch ( Exception $e ) {
		// ログ出しとか
	}
}, 10 );