結論、SNIを利用すれば1台のサーバで異なるドメインの証明書を使い分けることができる。

SNI (ServerName Identification)とは?

ApacheにはVirtualHostといって、1台のwwwサーバで複数ドメイントを運用できる仕組みがある。
元来、１つのグローバルIPではSSL証明書は1つのドメインしか運用できなかった。
その問題を解決するのがSNI。
SSLハンドシェイク時にクライアントがアクセスしたいホスト名を通知することで、サーバ側がグローバルIPではなく、
ホスト名によってSSL証明書を使い分けることができる。
実現のためにはサーバとブラウザ双方でSNIに対応する必要があるのだけど、今時SNIに対応していないブラウザなんてあるのだろうか?

詳細はGMOグローバルサインさんの↓の記事をみてちょ。

注目の集まるSNI（Server Name Indication）導入の必要性とは | グローバルサインブログ
https://jp.globalsign.com/blog/articles/server_name_indication.html