qiime2に実装されているblastでコミュニティ解析

自前で持ってる16Sとか18SとかITSのデータベースとqiime2を使ってコミュニティ解析をしたい場合に、データベースからqiime2で使えるBlastのデータベースを作る方法をメモしたものです。

もうちょっと時間がある時に更新します。(2018/8/3)

とりあえずいつもの棒グラフを出したい人（自分）向け。

データベースをqiime2のフォーマットにする

配列データファイル（Database.fasta）と系統情報を記したタブ区切りテキストファイル（Taxonomy.txt）をqiime2フォーマットにします。

配列データファイルの変換

qiime tools import \
  --input-path Database.fasta \
  --output-path Database.qza \
  --type 'FeatureData[Sequence]'

系統情報を記したタブ区切りテキストファイルの変換

qiime tools import \
 --type FeatureData[Taxonomy] \
 --input-path Taxonomy.txt \
 --source-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
 --output-path Taxonomy.qza

BLASTで配列の系統分類をする

他のオプションについてはここ↓
https://docs.qiime2.org/2018.6/plugins/available/feature-classifier/classify-consensus-blast/?highlight=blast

上で作ったqiime2ファイルを元にblastで代表配列（rep-seqs.qza）を分類

qiime feature-classifier classify-consensus-blast \
  --i-query rep-seqs.qza \
  --i-reference-reads Database.qza \
  --i-reference-taxonomy Taxonomy.qza \
  --o-classification blast_taxonomy_out.qza

結果を可視化する

blast結果を可視化

qiime metadata tabulate \
  --m-input-file blast_taxonomy_out.qza \
  --o-visualization blast_taxonomy_out.qzv

いつもの棒グラフへ変換

qiime taxa barplot \
  --i-table feature-frequency-filtered-min10-table.qza \
  --i-taxonomy blast_taxonomy_out.qza \
  --m-metadata-file sample_metadata.tsv \
  --o-visualization blast_taxonomy_bar_plots.qzv

棒グラフを可視化

qiime tools view blast_taxonomy_bar_plots.qzv