Fiji (ImageJ)のマクロでチャンネルの色を変換する

蛍光顕微鏡の画像解析にFiji(ImageJ)をよく用いるのだが、チャンネルの色をモノクロにしたり、赤や緑にするのを、ちまちまやるのが面倒だったので、チャンネルの色を一発で変換させる関数作ったら、大変便利だったのでメモ。

以下のマクロをコピペしてもらえれば、使えるはず。最近は四重染色をすることが多いので、チャンネル数が4つの画像を想定してあるが、三重染色の画像なら、4の入った箇所を削れば使えるでしょう。

setChannelColors.ijm

function setChannelColors (col1, col2, col3, col4){
		Stack.setChannel(1);
		run(col1);
		Stack.setChannel(2);
		run(col2);
		Stack.setChannel(3);
		run(col3);
		Stack.setChannel(4);
		run(col4);
	}

使い方というほどでもないが、col1/2/3/4が、それぞれチャンネル1~4の色に対応しているので、そこに"Blue", "Red", "Green", "Magenta", "Grays"なんかを指定してあげれば、よいです。

使用例

sample.ijm

setChannelColors("Blue", "Green", "Red", "Magenta");