LinuxとMacでなるべくシームレスに研究したい part:文献管理

はじめに

• 自分は理論系の研究室に所属
• 普段はdesktop(linux)で作業，laptop(mac)からもほぼ同じ環境で作業(の続き)がしたい
• これができるならlinuxしか使わない人にも参考になるかも

文献管理について

やりたいこと

• 論文の文献情報を同期
• __容量を気にせずに__PDFファイルを保存
• 論文を読みながらPDFのテキストにHighlightをつける
• Highlightも同期する

方法 その1

Mendeleyを使えば実現できると思うがここではパス
(理由)

1. 無料アカウントで使用できる容量に制限がある(2GBまで？)
2. 外部PDFビューアではテキストのHighlightが見えない(たぶん)

これらを気にしない人はMendeleyで必要十分だと思います。

方法 その2

自分の変なこだわりを実現した方法を以下に備忘録も兼ねて記します。

• 文献情報はZotero(linuxとmacに対応)で管理
• PDFのデータは自前のNextcloudで同期 (HDDの容量が許す限り好きなだけ保存)
• Foxit Reader(linuxとmacに対応)でPDFを開いてHighlightをつける。

データの同期はDropboxなどでもいいと思います。
すでに大容量のクラウドストレージを持っていて，そちらを使いたい人にはこの方法が参考になるかもしれません。
Foxit ReaderでHighlightをつけて上書き保存すると他のPDFビューアでもHighlightが見えます。
Adobe Readerだとおそらく著作権の問題で論文PDFに注釈がつけれなかったのでこちらを使っています。

Zoteroの存在を教えてくれたページ

ニート院生でもできる文献管理 - Qiita.

環境

linux

• Ubuntu 16.04.4 LTS
  • Apache(https), Nextcloud, ufw 設定済み
    (設定方法はここでは省略, 他のクラウドストレージを使う人は不必要)

mac

• macOS High Sierra

Zoteroの環境設定

• インストールは公式ドキュメント参照
• Zoteroのアカウントを作成しておく(データベースの同期に必要)
• 基本的にlinuxとmacで同じ設定にしておきます

##[一般]タブ

• [Open PDFs using]でFoxit Readerを選択

##[同期>設定]タブ
アカウントにログイン後

• データの同期

  • [自動的に同期]にチェック
  • [全文を同期する]にチェック

• ファイルの同期

  • [マイ・ライブラリ内の添付ファイルの同期に右のプログラムを使う]の__チェックを外す__
  • [Zoteroストレジを利用してグループ・ライブラリの添付ファイルを同期する]の__チェックを外す__

###(補足)
テキストのHighlightが共有されなくてもいいなら上記のファイル同期でWebDAVを選択し，
Nextcloudの(WebDAV経由の)アドレス¹，ユーザー名，パスワードを入力することでZoteroとNextcloudを連携できます。
その場合これ以降の設定は必要ないです。
Dropbox等でWebDAVが使えない場合は以下の設定をするしかないと思います。

##[詳細>ファイルとフォルダ]タブ

• [データ・ディレクトの場所]を個人設定に変更し，linuxとmacで共通のパスを選択する

###(補足)
基本ディレクトリを設定すると相対パスになるようなので、そっちでもいいかも（試してない)。

絶対パスでホームディレクトリを指定する場合はlinuxとmacでパスが異なることに留意して設定します。
自分はmacに合わせて'/Users/"user_name"/Zotero'にしています。
linuxでは以下の方法でシンボリックリンクを作って同じパスでアクセスできるように設定しています。

linuxでの作業

$ sudo mkdir /Users
$ sudo ln -s /home/"user_name" /Users/"macで使っているuser_name"

データ同期

[データ・ディレクトの場所]内にあるstorageディレクトリ(自分の場合は '/Users/"user_name"/Zotero/storage')をNextcloudに登録します。

(補足)
データベース情報を自分で同期しようとするとファイル破損の恐れがありそう。
なので上記のようにデータベース情報は公式アカウントで同期，登録したPDFファイルだけをクラウドストレージで同期するようにしています。
(Zoteroのストレージ使用率は0.0%のまま)

終わりに

どの端末でもZoteroの文献一覧からダブルクリックで同じPDFが外部ビューアで開けるようになりました。
Highlightをどの端末からでも適宜追加できるようになりました。
何か不具合等が出てきたら更新，報告します。

1. Nextcloudのページの左下にある[設定]ボタンをクリックすると表示される ↩