環境
Ubuntu 22.04
Autodock Vina 1.1.2
MGLTools 1.5.7
ダウンロード方法
AutoDockVinaのインストール
AutoDockVinaのHPからダウンロードしてきたtar.gzファイルautodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgzを解凍した。その後、binパスを通した。
sudo tar -zxvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz
export PATH=$PATH:/Your/PATH/TO/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin
source ~/.bashrc
コマンドシェルを再起動すると通したPATHがリセットされるので、.bashrcに先程の
export PATH=$PATH:/Your/PATH/TO/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin
を追記しておくと良い。
これでPATHが通ったので、vinaとコマンドラインで打てばvinaが使える。
以下はvina -hとコマンド入力したときの画面。
> vina -h
Correct usage:
Input:
--receptor arg rigid part of the receptor (PDBQT)
--flex arg flexible side chains, if any (PDBQT)
--ligand arg ligand (PDBQT)
Search space (required):
--center_x arg X coordinate of the center
--center_y arg Y coordinate of the center
--center_z arg Z coordinate of the center
--size_x arg size in the X dimension (Angstroms)
--size_y arg size in the Y dimension (Angstroms)
--size_z arg size in the Z dimension (Angstroms)
Output (optional):
--out arg output models (PDBQT), the default is chosen based
on the ligand file name
--log arg optionally, write log file
Misc (optional):
--cpu arg the number of CPUs to use (the default is to try
to detect the number of CPUs or, failing that, use
1)
--seed arg explicit random seed
--exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness of the global search (roughly
proportional to time): 1+
--num_modes arg (=9) maximum number of binding modes to generate
--energy_range arg (=3) maximum energy difference between the best binding
mode and the worst one displayed (kcal/mol)
Configuration file (optional):
--config arg the above options can be put here
Information (optional):
--help display usage summary
--help_advanced display usage summary with advanced options
--version display program version
Mgltoolsのインストール
MGLToolsのHPからmgltools_Linux-x86_64_1.5.7_Installをインストールした。今回はGUIベースでのインストールを行った。
ダウンロード後、以下のコマンドで実行権限を付与し、実行することでGUIのインストーラーを立ち上げた。
chmod +x /YOUR/PATH/TO/mgltools_Linux-x86_64_1.5.7_Install
/YOUR/PATH/TO/mgltools_Linux-x86_64_1.5.7_Install
あとは指示に従ってインストールを行うだけ。
インストール後、AutoDockVinaと同様にパスを通す。
sudo tar -zxvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz
export PATH=$PATH:/Your/PATH/TO/MGLTools-1.5.7/bin
source ~/.bashrc
こちらも同様に.bashrcに追記しておくと良い。
パスを通したらadtとコマンドラインで入力するとGUIのAutoDockToolsが立ち上がる。