結論

多次元リストの初期化にはリスト内包表記を活用する

[[0]*3 for _ in range(4)]

Python Documentation contents にて同内容の説明が掲載されている
https://docs.python.org/ja/3/faq/programming.html#how-do-i-create-a-multidimensional-list

※ コメントにてご教示いただきました。ありがとうございます。

また明確な意図がない限り下記表現は使わない

[[0]*3] * 4

サンプル（OKパターン）

4×3サイズの0埋めリストを初期化する場合

test.py

# 二次元リストnizi_listの初期化
ROWS,COLUMNS=4,3
nizi_list = [[0]*ROWS for _ in range(COLUMNS)]
print("■nizi_listの初期化後の中身");print(*nizi_list, sep='\n');print()

# 各リストのオブジェクトIDの確認
print("■nizi_listの各リストのオブジェクトIDの確認")
for i in range(COLUMNS):
    print("nizi_list[%d]のオブジェクトID: %d"%(i,id(nizi_list[i])))
print()

# 二次元リストnizi_listの要素の変更
nizi_list[0][1] = 1
print("■nizi_list[0][1]の値変更後の中身");print(*nizi_list, sep='\n');print()

実行結果

■nizi_listの初期化後の中身
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]

■nizi_listの各リストのオブジェクトIDの確認
nizi_list[0]のオブジェクトID: 1936982372288
nizi_list[1]のオブジェクトID: 1936982416256
nizi_list[2]のオブジェクトID: 1936982411712

■nizi_list[0][1]の値変更後の中身
[0, 1, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]

サンプル（NGパターン）

4×3サイズの0埋めリストを初期化する場合

test.py

#二次元リストnizi_listの初期化
ROWS,COLUMNS=4,3
nizi_list = [[0]*ROWS] * COLUMNS
print("■nizi_listの初期化後の中身");print(*nizi_list, sep='\n');print()

#（以下略）

test.py実行結果のログ

■nizi_listの初期化後の中身
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0]

■nizi_listの各リストのオブジェクトIDの確認
nizi_list[0]のオブジェクトID: 2893548518592
nizi_list[1]のオブジェクトID: 2893548518592
nizi_list[2]のオブジェクトID: 2893548518592

■nizi_list[0][1]の値変更後の中身
[0, 1, 0, 0]
[0, 1, 0, 0]
[0, 1, 0, 0]

nizi_list[0][1] のみ代入したつもりが nizi_list[1][1]とnizi_list[2][1] にも反映された
- これは nizi_list[0] ～ nizi_list[2] が全て同オブジェクトとして定義されたため
- オブジェクトIDはid関数を用いることで参照可能