PyMOL Scripting

PyMOLで、pythonスクリプトを使う

計算科学をやっていると、pymolで分子を表示するためにroutineな作業をすることが多い。
また、以前表示させたときに使った設定やコマンドを忘れてしまったりする。

そこで、pythonスクリプトをpymolに読ませることで作業を簡単にできる。
また、コマンドがテキストファイルとして保存されるので、再現性もある。

基本的には、以下のようにスクリプトを書く
pymolのコマンドは、ほとんど（すべて？）、
cmd.<コマンド>()　の形で、関数になっている。
あとは、決まった順番に引数を渡してあげたり、for文を使って回すこともできる。

exmaple.py

import pymol

cmd.load("something.pdb")
cmd.hide("everything", "something")

# You can use variable in the same way in python
style = "cartoon"
cmd.show(style)

実行方法は、PyMOLのコマンドラインで
run example.py
とすればよい。
（example.pyと同じフォルダにいること）

from pymol import *
とすれば、"cmd."を付けなくてもよくなる。

from pymol import *

load("something.pdb")

ちなみにpymolのコマンドラインで、一部のLinuxコマンドも使えるので
ls　とか　pwd　でカレントディレクトリ（現在のフォルダ）を確認して、
cd　コマンドで移動もできる。

リンク

pymolをpythonのライブラリとして使う
http://qiita.com/hnishi/items/0cf0dc6266699cf81b37

参考

ファイルにコマンドを羅列しても読み込めるらしい。（未確認）
http://bio-info.biz/tips/pymol_script.html