myPrestoのMDシミュレーションソフトpsegeneまたはcosgeneのtrajectoryファイルはバイナリ形式で出力される。
その形式を知っていないと解析プログラムを作ろうにも作れないので、
ここにメモする。
（１）psygene（cosgene）のトラジェクトリーファイルの書式
trajectoryファイル（.codや.crd）はバイナリで書かれているため、その書式が分からないと中身も読めない。
以下に記す。
以下に示す数字は全てbyte単位である。intは整数型、floatは小数点型である。
4 (no information)
4 (int, loop number)
4 (float, simulation time)
4 (float, cpu time)
4 (float, total energy)
4 (float, kinetic energy)
4 (float, temperature)
4 (float, potential energy)
4 (float, rmsf (root mean square fluctuation))
4 (int, num15svw)
4 (int, num15hyd)
4 (float, rmsd (root mean square deviation))
8 (no information)
4*3N (float, coordinates(x, y, z), "N" is the number of atoms)
4 (no information)
以上が、MDのループの1 step分で、以降はこれの繰り返し。