Gromacs形式のトラジェクトリファイルをNAMD形式に変換する方法

Gromacs形式のトラジェクトリ (trajectory) ファイルをNAMD形式に変換する方法を記す。

Gromacs形式トラジェクトリ (.trr and .xtc)
↓
NAMD形式トラジェクトリ (.dcd)

使うツール

The mdtraj

• mdtrajツールに含まれるmdconvertを用いる。

Command-line trajectory conversion: mdconvert — MDTraj 1.7.0.dev0 documentation

• Reference McGibbon,R.T., Beauchamp,K.A., Harrigan,M.P., Klein,C., Swails,J.M., Hernández,C.X., Schwantes,C.R., Wang,L.P., Lane,T.J. and Pande,V.S. (2015) MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories. Biophys. J., 109, 1528–1532.

condaを使ってインストール

• mdtrajツールのインストールをするためにAnaconda環境を構築する。pythonによって書かれているため，condaもしくはpipを用いる。

Downloads - Anaconda

• Windows 64bit, Python 3.7 version 用のインストーラを用いた。
• インストールできたら"Anaconda Prompt"を開く。（winsows key -> すべてのプログラムに表示される）
• ここでは，他のpythonパッケージと区別してバージョン管理等の行うために，Pythonの仮想環境の中でmdtrajをインストールする。
• create conda environment

conda create --name myenv1

• check created environments

conda info --envs

• activate the environment

activate myenv1

• myenv1の中でmdtrajをインストールする。

conda install -c omnia mdtraj

• mdtrajがインストールされたことの確認。

  • python interpreterを開き、import mdtrajでエラーが出ないことを確認。
  • また、Anaconda Promptにて、以下のコマンドでヘルプが表示されることを確認。

mdconvert -h

変換

• Gromacs形式の.xtcファイルを.dcd形式に変換する。

mdconvert -o md.dcd md.xtc

• 仮想環境を抜けるときは、以下のコマンドを使う。（deactivate the environment）

deactivate