Rails - ActiveRecordでデフォルトの照合順序を変更する - Qiita [キータ]に書かれていますが、config/database.ymlでcollationを指定しないとutf8_unicode_ciとして扱われてしまいます。

utf8_general_ciを使いたい場合は、下記のように明示的にcollationを指定する必要があります。

development:
  adapter: mysql2
  encoding: utf8
  collation: utf8_general_ci
  database: foo_development
  pool: 5
  username: root
  password:
  socket: /tmp/mysql.sock

この設定追加をApplication Templateで行う方法を紹介します。

Module: Thor::Actions — Documentation for wycats/thor (master)を使って、encoding: utf8の行を置換してcollation: utf8_general_ciの行を追加します。

# add mysql collation configs to database.yml
gsub_file 'config/database.yml',
  /^  encoding: utf8$/, "\\0\n  collation: utf8_general_ci"