はじめてQiitaで投稿させていただきます。
モチベーション
今から少し前のことになりますが、
仕事でRを使っていて、stanを使ってみたくなりました。
理由は仕事でMCMC使えたら面白そうですし、今後の仕事でも統計モデリングが重要になると思ったからです。
（結果的に、この時点で所属していた会社では使いませんでした 
）
Stanについては
基本的に
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started
の通りに行えばいいと思います。
他にも説明や手順などを丁寧に記載したブログが多数ありますので、
詳しくはそちらも参照されたほうがいいです。
はまった点
以下、たぶん関係したことです。
・Rは3.0.2にバージョンアップしたほうがいいです。
・失敗したらRを再起動．RStudioではなく，"R"のほうで作業をしたほうがいいです。
Rtoolsをいれて、RからC++をコンパイルできるようにする。
rstanが依存している”Rcpp”、”inline”packagesを入れて、うまくコンパイルできるかどうか試す。
RStanをinstallする。
CYGWIN worning が出たら環境変数の設定の処方箋を試す。
環境情報
R version 3.0.2 (2013-09-25)
win7 の 32-bit
rstan_2.0.0 Rcpp_0.10.5 inline_0.3.13 devtools_1.3