0. S3のデータ暗号化の種類について

大きく分けて、サーバー側の暗号化（SSE）とクライアント側の暗号化（CSE）があります。

前者は、クライアントから送信したデータをサーバ側で受け取ってから暗号化してストレージに保存する方法、後者はクライアントから送信する前にデータを暗号化してサーバ側に送信する方法です。
但し、サーバ側の暗号化を使う際にはエンドポイントへの接続にHTTPSを使って通信経路をSSL/TLSで暗号化する必要があるため、いずれにせよ生データがインターネット上を流れるわけではありません。

それぞれ、さらにいくつかの方法に分かれますが、CSEについてはここでは取り上げません。

S3で管理された暗号化キーを使うサーバ側暗号化（SSE-S3）
AWS KMSで管理された暗号化キーを使うサーバ側暗号化（SSE-KMS）
ユーザが用意した暗号化キーを使うサーバ側暗号化（SSE-C）

これらのうち、今回使うSSE-KMSでは、さらに、

デフォルトの暗号化キー（無料で自動発行されるキー）を使う方法
ユーザが明示的に発行したカスタマーマスターキー（CMK）を使う方法

があります。

1. 準備／CMK（キー）の発行とS3バケットへのポリシー設定（必要な場合のみ）

CMKを明示的に発行する場合は、IAMの「暗号化キー」のメニューを使います。

上の画面で、①（ARN）はバケットポリシー設定の際に、②（キーID）はJavaのコードで暗号化キーIDを指定する際に使います。

なお、S3のアクセスに使うユーザがこのキーを使用できるよう、権限を付与しておくのを忘れないようにしてください。

CMKを明示的に発行せず、デフォルトの暗号化キーを使う場合は、これらの作業は不要です。

続いて、アップロード時に暗号化を強制したい場合は、バケットポリシーを設定します。

使用する暗号化キーを限定する場合は、13行目末尾の「,」および14行目を記述します。限定しない（暗号化のみ強制する）場合や、デフォルトの暗号化キーを使う場合は、この記述は不要です。

2. Javaのコードを変更する

先の記事のサンプルコードを修正します。
なお、「ダウンロード」以降に変更はありません（ダウンロード時には暗号化の指定は不要です）。

S3Access.java（前半部分のみ）

package s3test;

import java.io.InputStream;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

import com.amazonaws.ClientConfiguration;
import com.amazonaws.Protocol;
import com.amazonaws.auth.AWSCredentials;
import com.amazonaws.auth.AWSStaticCredentialsProvider;
import com.amazonaws.auth.BasicAWSCredentials;
import com.amazonaws.client.builder.AwsClientBuilder.EndpointConfiguration;
import com.amazonaws.services.s3.AmazonS3;
import com.amazonaws.services.s3.AmazonS3ClientBuilder;
import com.amazonaws.services.s3.model.DeleteObjectsRequest;
import com.amazonaws.services.s3.model.DeleteObjectsRequest.KeyVersion;
import com.amazonaws.services.s3.model.DeleteObjectsResult;
import com.amazonaws.services.s3.model.ObjectMetadata;
import com.amazonaws.services.s3.model.PutObjectRequest;
import com.amazonaws.services.s3.model.SSEAwsKeyManagementParams;
import com.amazonaws.services.s3.model.S3Object;
import com.amazonaws.services.s3.model.S3ObjectInputStream;

public class S3Access {

    private static final String ENDPOINT_URL = "https://s3-ap-northeast-1.amazonaws.com";
    private static final String REGION       = "ap-northeast-1";
    private static final String ACCESS_KEY   = "【アクセスキー】";
    private static final String SECRET_KEY   = "【シークレットキー】";
    private static final String KMS_KEY_ID   = "【KMSキーID】※②の部分を入れる";

    //--------------------------------------------------
    // アップロード
    //--------------------------------------------------
    public void putObject(String bucketName, String objectKey, int objectSize, InputStream is) throws Exception {

        // クライアント生成
        AmazonS3 client = getClient(bucketName);

        ObjectMetadata metadata = new ObjectMetadata();
        // 念のためサイズだけセットしておく（不整合ならException）
        metadata.setContentLength(objectSize);

        // アップロード
        PutObjectRequest putRequest = new PutObjectRequest(bucketName, objectKey, is, metadata)
                                    .withSSEAwsKeyManagementParams(new SSEAwsKeyManagementParams(KMS_KEY_ID));
        client.putObject(putRequest);
        client.putObject(bucketName, objectKey, is, metadata);
    }

デフォルトの暗号化キーを使う場合は、PutObjectRequest のところで引数のない .withSSEAwsKeyManagementParams() を記述します。

3. 注意点

先に軽く説明した暗号化の種類（方法）ごとに、アップロード時リクエストヘッダに記述される内容が異なります。
そのため、バケットポリシーで暗号化を強制する場合、暗号化の種類に合った記述をする必要があります。

SSE-S3を使う場合は、以下を参考にしてください。

Amazon S3 で管理された暗号化キーによるサーバー側の暗号化 (SSE-S3) を使用したデータの保護
AWS SDK for Java を使用したサーバー側の暗号化の指定

バケットポリシーとJavaコードの対応を間違えると、アップロード時エラーになります。

SSE-S3を使う方法とSSE-KMSでデフォルトの暗号化キーを使う方法は別物ですので、混同しないよう注意してください。

【2017.7.6追記】
認証にアクセスキーを使うのはセキュアではないので、以下の記事でEC2 IAM Roleを使う形への変更方法を示しています。

EC2 IAM Role環境でSSE-KMS暗号化を使ってS3バケットにアクセスする（AWS SDK for Java）