既知のバグのようです。解決策としては単にイベントサブスクリプションを再作成してあげればOK。なお、修正が入るまで同名RDS再作成の度に再作成の必要があります。（同名の場合のみなので注意。検証まではしてないですが、RDS名をかえれば本バグはおこらないはずです。）
せっかくなので一連の手順書いていきます
1.イベントサブスクリプション削除→作成
①削除
RDS→イベントサブスクリプション→該当RDSを選択→削除
②作成
イベントサブスクリプションを作成
・名前：イベントサブスクリプション名
・ターゲット：イベント発生時の通知先を指定
SNSならARNです。
・ソース：どのRDSイベントに対して通知させるかを決定します。
たとえばRDSインスタンスに関連する全てのイベントを通知したい場合は以下のような設定を入力します。
インスタンス→すべてのインスタンス→すべてのイベントカテゴリ
上記、入力完了後に保存。
2.テスト（気になるなら）
基本は再作成だけでOKですが、気になるなら設定したソースにあわせてテストしてみましょう。以下のリンクのようにそれぞれけっこうな項目数があるので、その中からやってみればよいです。
下記ではデータベースの作成と削除でアラートがあがるか確認しています。てきとうに作ればよいだけですが、一応利用環境を考えて無料にするとか外部と通信しないなどの設定にしておくと良いかと思います。
①作成
データベース→データベース作成
変更する項目
・作成方法：簡単に作成
・エンジン：MySQL
・インスタンスサイズ：無料利用枠
簡単作成のデフォルト設定表示にて
「パブリックアクセス」が「なし」であることを確認
→データベースの作成
②作成アラート確認
上記RDS作成のアラートが出力されることを確認
③RDS削除
①で作成したRDSを削除
④削除アラート確認
上記RDS削除のアラートが出力されることを確認
作成アラートはこんなかんじの項目であがりました。
Event Source :
Identifier Link:
SourceId:
Notification time :
Message : DB instance created
Event ID : http://docs.aws.amazon.com/AmazonRDS/latest/UserGuide/USER_Events.Messages.html#RDS-EVENT-0005
このバグ知らないとRDS障害に気づけないという問題になりえるので、該当しそうなシステムは過去に作り直しとかしてないか見直ししたほうが良さそうです