Dockerコンテナをつくる on MacOSX

https://gist.github.com/hiromasaono/1187dd6a34ca221baada からの転載
2015.2.2-6 国内版Biohackathon14.14 にて
再現性のあるサイエンスのための Docker/BioDevOps
- Docker野郎Dチーム

bioな分野でDockerを使うとなにがいいのか

コンピュータによるデータ解析をだれでもどこでもコマンド一発で再現できるのが素敵
- エヴァンジェリスト@iNut氏談
バイオインフォマティクスの参入障壁の一つであるマシン環境設定も考慮しなくていい
いままで環境構築に時間を費やしがちだった講習会などでも便利そう
- マシンの環境設定だけで丸1〜2日かかるケース(バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ) | 速習コース)もある

前提

MacOSX Yosemite
コマンドライン操作はそれなりにわかる人向け
GitHubは(ほぼ)初めて使う人向け
Dockerも初めて使う人向け

環境構築

Homebrew のインストール

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/mxcl/homebrew/go)"

VirtualBox と Vagrant のインストール

brew tap phinze/homebrew-cask
brew install brew-cask -v
brew cask install virtualbox -v
brew cask install vagrant -v

CoreOS のインストール

git clone https://github.com/coreos/coreos-vagrant
cd coreos-vagrant
vagrant up && vagrant ssh

CoreOSインストール完了の確認

coreos> docker run -it inutano/cmatrix

マトリックスが流れればOK

Portの設定

exit で coreosから抜けたあとに、
~/coreos-vagrant/Vagrantfile を編集。
最後から4行目 (行末にendが3回出てくるところの上) に
config.vm.network "forwarded_port", guest:443, host:4430
を追記して
vagrant reload && vagrant ssh
再起動する。

Port変更の確認

coreos> docker run -d -p 443:8888 -e "PASSWORD=hoge" ipython/scipyserver
でscipyserverを起動して、
ブラウザで　https://localhost:4430/　が開けばOK。

ファイルの共有設定

@coreos-vagrant 以下に share ディレクトリを作成
mkdir share
~/coreos-vagrant/Vagrantfile を編集して
# Uncomment below to enable NFS for sharing the host machine into the coreos-vagrant VM.
の箇所をさがして、その下にある、

config.vm.synced_folder "./share", "/home/core/share", id: "core", :nfs => true, :mount_options => ['nolock,vers=3,udp']
の記述をコメントアウトしてから、共有するディレクトリを上記のように変更(指定)する。

よくつかう vagrant コマンド

vagrant status
vagrant global-status
vagrant up
vagrant halt
vagrant destroy CoreOSのすべてを初期化
vagrant reload
vagrant ssh
vagrant box update CoreOSのアップデート

Docker コンテナの作り方

Dockerコンテナを作る手順

まずはDockerfileを作る
- そもそもDockerfileとは?
  - Dockerコンテナ作成のための自動化レシピみたいなもの
    - Dockerコンテナとは?
      - いままで各作業マシンでやっていた一連の環境設定だとかコマンドライン操作とかのもろもろを、コマンド一発でどの環境でも再現する仕組み(意訳)

どういうコンテナをつくるか考える
coreos内で Dockerfile を作るそして中身を書く

ここが一番のキモ
うまいこと書くには、コマンドライン操作とかシェルスクリプトとかを習熟していないとツラい
同じようなコンテナがすでに作られていないかdockerで検索してみる
参考にできそうなDockerfileがみつかるかも

build → run してちゃんと動くか確認する
うまく動かない場合 coreosのbashで個別のコードがちゃんと動くか確認
ちゃんと動くDockerfileが完成
GitHubにDockerfileを上げる
dockerでAutomated Buildする

docker コマンドとDockerfileの作成例

ubuntuのbashを起動
coreos> docker run -it ubuntu bash
後述のDockerfileで指定したコマンドがうまく動くか確認するのに使うとよい
wget のインストールの例
(id)~/ apt-get update && apt-get install -y curl
(id)~/ exit
Dockerfileができたら、buildとrunをして、Dockerコンテナが(ある程度)うまく動くことを確認する
coreos> docker build -t [作者名]/[コンテナ名] [Dockerfileの場所]
coreos> docker run -it [作者名]/[コンテナ名]

Dockerfile の例

Docker container for curl

FROM ubuntu
MAINTAINER Hiromasa Ono, hiromasa.ono@gmail.com

Install packages

RUN apt-get update && \
apt-get install -y curl

CMD ["bash"]

https://registry.hub.docker.com/u/hiromasaono/curl/dockerfile/
FROM のところは debian にすると一番軽量、だがモノによっては動かないケースがある

GitHub に Dockerfile を add, commit, push

https://github.com/へ移動
右上の+からNew repository をクリック
repositoryの名前はDockerコンテナと同じにする
- https://github.com/hiromasaono/curl
- https://registry.hub.docker.com/u/hiromasaono/curl/

git init ←そのディレクトリで初めてgitを使うとき
git add Dockerfile
git commit -m "first commit" 　← -m で変更点などコメントを書く
git remote add origin https://github.com/hiromasaono/curl.git　←githubにレポジトリがない場合に指定する
git push -u origin master

よく使うgitコマンドの流れ

git status
git diff
git add [filename]
git status
git commit
git status
git push origin master
git status

何か変更したら　git status で状態確認のくせをつけるとよい

docker で Automated build

https://hub.docker.com/ へ移動
右上の Add Repository から Automated Build をクリックして buildしたいGitHubのrepository を選択
しばらく待つとDockerコンテナができあがる
coreos上で、Dockerコンテナを起動するには、
docker run -it hiromasaono/curl

Automated build をしない場合 (非推奨)

coreos> docker ps -a ←　CONTAINER ID(id) を確認する
coreos> docker commit (id) hiromasaono/curl
coreos> docker images
coreos> docker login
coreos> docker push hiromasaono/curl

DockerにRepositoryができる。