bundle exec rake db:createや、rails sでnokogiriエラーの原因は--path vendor/bundleかも

【PC：MacBookPro2012(13-inch, Mid 2012)、MacOS Mojave 10.14.4】
【ruby 2.3.7p456 (2018-03-28 revision 63024) [x86_64-darwin18]】
【Rails 5.2.3】
【mysql Ver 8.0.15 for osx10.14 on x86_64 (Homebrew)】

それは急に訪れました。
いつものようにrailsアプリを作成しようとしたところ・・・

$ rails new アプリ名

$ bundle exec rake db:create
Could not find nokogiri-1.10.4 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

え、つい３日前にrails newした時にはエラー出なかったのに・・・
エラー出た・・・
こんな時は余計なことせずにシンプルに試そう。
エラーメッセージを無視して（笑）

$ gem update --system

もしかしたらこれで・・・

$ bundle exec rake db:create
Could not find nokogiri-1.10.4 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

あかんのかーい！！
こうなったら素直にエラーメッセージに従おう。

Gemfileに gem 'nokogiri', '~> 1.10.4'　追記。
その後　↓↓↓

$ bundle install

$ bundle exec rake db:create
Created database 'db/development.sqlite3'
Created database 'db/test.sqlite3'

できた！
と思ったら・・・
その後すぐに試しでrailsシステムを立ち上げてみると・・・

$ rails s
Could not find nokogiri-1.10.4 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

また同じエラー！

そこで作成したrailsアプリを確認すると、vendor/bundle/ruby/2.3.0　のディレクトリが・・・
これか、こやつが原因か！
そこで試しに新規railsアプリ作成後にgemにnokogiri追記してから　↓↓↓

$ bundle install

$ rails s
起動

なんとかクリア！

ただ、毎回

$ bundle exec rake db:create
Could not find nokogiri-1.10.4 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

これが出ちゃうってことは他の原因を解明しないと。
とりあえず今はここまで。
根本治療にはなってないので順次わかり次第追記します。

わかる人いましたらご教授お願いいたします。