C++からRInsideを使えるようにする

C++内部からRを呼び出すインターフェイスを提供するRInsideをUbuntuにインストールする手順です。
(RInside自体の使用方法はこの記事では扱っていません。)

RInside

RInsideはC++からRを呼び出すことを目的としたパッケージです。
RからC++を扱うためのパッケージであるRcppを前提として使用できます。

(抜粋)
The RInside package provides a few classes for seamless embedding of R inside of C++ applications by relying on Rcpp.
https://cran.r-project.org/web/packages/RInside/index.html

GPL(>=2)ライセンスのもとで提供されているOSSであり、Linux/OS X/Windowsのクロスプラットフォームで使用できます。

インストール手順

環境

Ubuntu : 18.04.3 LTS
R : 3.4.4
Rcpp : 1.0.3
RInside : 0.2.15
g++ : 7.4.0
※ Ubuntuはdockerのコンテナーとして使用

Rのインストール

aptでインストールする。必要に応じて事前にupdateを行っておく。
途中ロケーション・TimeZoneの選択を促されるので適当に選択する。

$ apt update
$ apt install r-base

OSのターミナルからRコマンドを実行して、プロンプトが表示されればOK。

$ R
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 

Rcppのインストール

RInsideの前提条件となっているRcppをCRANから導入する。
Rのコマンドラインからinstall.packages()でインストールする。RcppがロードできればOK。

> install.packages('Rcpp')
> library('Rcpp')
> 

RInsideのインストール

RInsideをこちらからソースコードをダウンロードする。

$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/RInside_0.2.15.tar.gz

以下のコマンドを実行して、ビルドしインストールする。

$ R CMD INSTALL RInside_0.2.15.tar.gz 
* installing to library '/usr/local/lib/R/site-library'
* installing *source* package 'RInside' ...
** package 'RInside' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
/usr/lib/R/bin/Rscript tools/RInsideAutoloads.r > RInsideAutoloads.h
/usr/lib/R/bin/Rscript tools/RInsideEnvVars.r   > RInsideEnvVars.h
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I. -I../inst/include/ -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c MemBuf.cpp -o MemBuf.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I. -I../inst/include/ -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RInside.cpp -o RInside.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o RInside.so MemBuf.o RInside.o -L/usr/lib/R/lib -lR
g++  -o libRInside.so MemBuf.o RInside.o -shared -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro   -L/usr/lib/R/lib -lR
ar qc libRInside.a MemBuf.o RInside.o
cp libRInside.so ../inst/lib
cp libRInside.a ../inst/lib
rm libRInside.so libRInside.a
installing to /usr/local/lib/R/site-library/RInside/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (RInside)

確認

Eddelbuettel氏が提供しているgitリポジトリーからサンプルコードを入手できる。
rinside/inst/examples/standardの下にサンプルコードおよびGNUmakefileが用意されているので、ビルドし実行する。

# 単一ファイルのビルド
$ make rinside_sample0
g++ -I/usr/share/R/include -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include -I/usr/local/lib/R/site-library/RInside/include -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -Wall    rinside_sample0.cpp  -Wl,--export-dynamic -fopenmp -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -L/usr/lib/R/lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm -licuuc -licui18n  -lblas -llapack  -L/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib -lRInside -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib -o rinside_sample0

$ ./rinside_sample0
Hello, world!

他のファイルも同様にビルドして使用することができます。

以上です。

参考リンク

• Rcpp: Seamless R and C++ Integration :
  https://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html

• RInside: C++ Classes to Embed R in C++ Applications :
  https://cran.r-project.org/web/packages/RInside/index.html

• Eddelbuettel氏のgitリポジトリー
  https://github.com/eddelbuettel/rinside