DeepLabCutをuvでM4 Macにインストールすることをあきらめた話

はじめに

研究のために、ノートPC（MacBookPro M4max 48G）にPythonの開発環境を整えています。これまでは、Anacondaで環境構築していたのですが、Anaconda有償化にともない、uvでの環境整備に移行することにしていました。

理由あってDeepLabCut（DLC）でマウスの動画解析をしようと思い立ち、uvとpipでインストールしようとしたのですが、どうやっても無理でしたので、失敗の記録を残すとともに、conda/mambaを用いたApple Silicon MacへのDLCのインストールについて解説します。

DeepLabCutとは

DeepLabCut（DLC）とは、 スイス連邦工科大学ローザンヌ校（Swiss Federal Institute of Technology in Lausanne, École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL))のMackenzie W. Mathis教授の研究室で開発されているソフトウェアです。深層学習（ディープラーニング）技術を用いて、動物などの動画から特定の体の部位をマーカーなしで高精度に追跡・解析することができます。2018年にNature Neuroscience誌で発表されて以来、動物の動作測定のデファクトスタンダードとなっています。

uvでのDLCインストールの試み

DLCのウェブサイトではcondaを利用したインストールが推奨されています。しかし、conda環境とuv環境を混ぜたくなかったので、まずは、uv pipインストールを試みました。

筆者はHomebrewでベース環境を構築しているので、HDF5やbzip2などのパスの設定で少々手こずりましたが、環境変数を適切に設定するなどして、一つづつ解決していきました。そして、最後に残ったのがPyTablesの問題でした。

DLCはPyTables（tables 3.8.0）に依存関係があります。ところが、このtables 3.8.0が曲者で、色々とコンフリクトをおこします。それならばと、先にtables 3.8.0をpipインストールしようとすると、ビルド途中でエラーが出て進みません。

このtables 3.8.0問題には、いろんな人が直面しているようで、GitHubやStack Overflowのスレッドでもいくつか質問がありました。それで、肝心の解決方法はというと、condaでtables 3.8.0インストールする、というものでした。

これでは、せっかくuvで環境を切り分けているのに意味がありません。仕方がないので、conda環境でDLCをインストールしたところ、一発でインストールできました。

mambaによるconda環境の構築

Homebrewでminiforgeをインストールする。

$ brew install --cask miniforge

DLCのインストールと起動

推奨のインストール方法

DLCディレクトリで作業するものとする。

yamlファイルによる環境構築

$ conda env create -f DEEPLABCUT.yaml

$ conda activate DEEPLABCUT

DLCの起動

$ python -m deeplabcut gui

無事に立ち上がりました。

SuperAnimal modelsも利用できます。

結論

環境は汚れるかもしれませんが、conda/mambaでインストールしましょう。

追記

Homebrewのminiforgeでmambaをインストールすると、パスを正しく認識してくれない場合があります。そんなときは、以下のコマンドでシェルに環境変数を追記します。

$ /opt/homebrew/bin/mamba shell init

.zshrcに環境変数を書き込んでくれます。

出力

Running `shell init`, which:
 - modifies RC file: "/Users/xxxxx/.zshrc"
 - generates config for root prefix: "/opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base"
 - sets mamba executable to: "/opt/homebrew/bin/mamba"
The following has been added in your "/Users/xxxxx/.zshrc" file

# >>> mamba initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'mamba shell init' !!
export MAMBA_EXE='/opt/homebrew/bin/mamba';
export MAMBA_ROOT_PREFIX='/opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base';
__mamba_setup="$("$MAMBA_EXE" shell hook --shell zsh --root-prefix "$MAMBA_ROOT_PREFIX" 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__mamba_setup"
else
    alias mamba="$MAMBA_EXE"  # Fallback on help from mamba activate
fi
unset __mamba_setup
# <<< mamba initialize <<<

忘れずに更新します。

$ source .zshrc