NATゲートウェイは有償のサービスです。
使用しない時は速やかに削除します。

AWSマネジメントコンソールにログインしてください。
VPCダッシュボードから[NATゲートウェイ]をクリックしてください。

削除するNATゲートウェイをチェックし、[アクション]-[NATゲートウェイを削除]をクリックしてください。

NATゲートウェイを削除ページが表示されます。[削除]を入力し、[削除]をクリックしてください。

次に、NATゲートウェイに割り当てたElastic IPアドレスを削除します。
VPCダッシュボードの[Elastic IP]をクリックしてください。

Elastic IPアドレスのページが表示されます。
削除したいElastic IPをチェックし、[アクション]-[Elastic IPアドレスの解放]をクリックしてください。

Elastic IPアドレスの解放ページが表示されます。
[解放]をクリックしてください。

以上で、NATゲートウェイを削除できました。